处理可分三大类：干式处理法、湿式处理法、半干式处理法，下面逐项作说明。
方法一：干式处理法（dry processing）
这是俗称“日晒”的古老方法，简单说，就是摘下来的咖啡樱桃，一层都不去除，直接在阳光下曝晒，直到豆子含水量降到10.5——12%为止。如果阳光充足，此法最节省能源，如果阳光不足或其他的原因，也可能全程或部分过程使用干燥机烘干。由于干燥过程未必一定要经由日晒，所以专业上不称“日晒法”而称“干式处理法”，当然，曝晒于阳光下仍然是干式处理法的主流。像伊索比亚、也门、巴西这些咖啡大产国，使用日晒法的比例，都超过80%，其他生产国也有不少采用此法，特别在水资源缺乏的地方。关于干式处理法要补充几点：
如果采用日晒干燥，通常需要2——4周甚至更久的时间，根据天气状况及想要表现的风味而定。晒的时候必须小心，既要避免温度过高，也要避免豆子长霉或因过度发酵而产生异味；
如果采用干燥机烘干，各项变因的控制会比较容易，干燥速度也比日晒快，但会增加机器及能源成本，并且风味通常不如全程日晒的豆子；
处理完成的干燥果实，通常就以带著所有包覆层的状态储存，直到准备出货时，才将咖啡豆外面的包覆层以机械方式全部去除，这个程序称为干磨（dry milling）；
干燥时间的长短、温度的高低，会给咖啡风味带来不同程度的影响；例如，在较强的阳光和较干燥的环境，如果没有特别管控，胶质可能来不及发酵就已经干燥完成，因此少了因潮湿及轻微发酵而带入咖啡豆内的果香和甜感，豆子没有什么特色，就像大多数的巴西商业豆那样，这也是日晒豆曾经名声不佳的原因之一；而如果把干燥时间拉长，并且适当控制温度，让咖啡果实经历轻微发酵，豆子就会带有多变的水果气味。总之，复杂的果香，是精致日晒豆的标准印记，也是其他处理法所不及的。不过也有少部分咖啡专业人士对干式处理法并无好感，不认为咖啡额外增加的果香是好风味，反而视之为“污染”。
方法二：湿式
处理法（wet processing）
也就是俗称的“水洗法”，是18世纪由荷兰人研发的方法。荷兰人之所以会研发这种方法，肇因于殖民地（如爪哇）潮湿多雨，缺乏持续的阳光，实施日晒法有困难（那个年代大概还没有干燥机）。传统作法是这样的：先去除咖啡樱桃的外皮及果肉，然后将粘附胶质的带壳豆置于水槽中发酵，使胶质中糖份分解，黏性消失，接著以清水冲洗掉羊皮纸外的所有残余物，最后拿去干燥。由于少了果皮、果肉及胶质，干燥时间大为缩短。下面是关于湿式处理法的补充说明：
发酵完成的时间自12小时至6天不等，与当时的温度、酵母菌数量、及采用的方法都有关；例如，若采用肯尼亚式水洗法（Kenyan method），须要通过不止一个发酵、冲洗周期，就要耗费几天的时间；
决定何时停止发酵，是水洗法中非常重要的关键，如果发酵不完全，胶质就不容易洗干净，而如果发酵过头，咖啡会沾染臭酸味；
传统水洗法，在冲洗羊皮纸外残余物时，需要使用大量清水，容易造成环境污染，但如今工业技术已经有了创新，例如，将水过滤后循环使用，或者以磨擦机取代水冲，都可以大幅减少用水量，这也是何以专业上不称“水洗法”而称“湿式处理法”的缘故；
湿式处理的咖啡有个特点：胶质发酵过程中所产生的酸，部分会进入豆内，同时，由于干燥时已经没有果肉和胶质附著在羊皮纸外，因此少了日晒豆那种特有的果香，风味偏向于干净明亮，酸度也比较明显。
方法三：
半干式处理法（semi-dry processing）
这是介于干式、湿式两种处理之间的方法，可以再分两类：去皮日晒法及蜜处理法。两类处理法基本上十分相似，都是先如同湿式处理一般，去除咖啡樱桃的外皮，但跳过湿式处理的“水池发酵、清水冲洗”过程，直接拿到阳光下嚗晒。虽然看来方法差不多，却因为其中一项重要差异，造成两种大不相同的风味，值得分开来说明。
（A）去皮日晒法（pulped natural）
这是上个世纪80——90年代，由巴西的咖啡设备制造商，Pinhalense所研发的方法。Pinhalense历经多次实验，研发出近代的脱皮机（depulper，也称果肉分离机），以挤压的方式，自成熟的咖啡果实中把种子取出，并利用高科技压力清洗机（high-tech pressure washing machine）尽量去除胶质，然后拿去晒干到所需程度。由于少了发酵过程，无论过度发酵或发酵不足的风险都减少，咖啡豆的品质趋于一致；但也正因为少了这一道程序，咖啡的风味稍嫌单调。因此，高品质咖啡很少以这种方法来处理。这种处理法使用的水量比水洗法少得多，而且部分作法类似湿式处理（去果皮及果肉），部分作法类似干式处理（不经水池发酵），所以也被称为半水洗法（semi-washed method）。附带一提，巴西和哥伦比亚，有一两家公司以高压自动化清洗设备登记专利，在市场上形成准垄断状态。
咖啡豆蜜处理法（英文常写作honey proces），是在去皮日晒法基础上作了部分改良后的方法，目前风靡于哥斯达黎加及萨尔瓦多，并逐渐在中美洲流行，甚至扩及全球的咖啡产国。名称的由来，是因为豆子在干燥过程中，刻意保留部分胶质（蜜），它的来历及方法如下：上个世纪90年代，哥斯达黎加研发出果胶刮除机（demucilager），用以取代巴西的果肉分离机（depulper），两种机器不同之处在于，果胶刮除机可以调整压力及口径大小，在去除果皮的过程中，保留咖啡豆部分或全部的胶质，然后豆子连同胶质拿去日晒（带胶质的豆子无法使用机器辅助干燥，必须担负过度发酵或长霉的风险）。由于在干燥过程中，胶质会有短时间发酵，咖啡豆因而增添了一点酸度，同时胶质中的糖份也有少许渗入豆内，使咖啡多了一点甜感，这是巴西的去皮日晒法所没有的。有些处理者甚至根据胶质的保留量，称自己的咖啡为40%、60%、80%或100%蜜处理咖啡豆，不过对这种说法大概要持保留态度，因为实际上不可能作得如此精确。如今比较流行的称呼，是以颜色来代替百分比，有所谓黑蜜、红蜜、黄蜜、白蜜之分别，胶质保留得愈多，干燥后的豆子颜色愈深，咖啡风味也愈近似于日晒处理咖啡。
