咖啡烘焙的时候如果混入过多瑕疵豆，成品会出现颜色斑驳的情况。与正常的豆子相比，瑕疵豆氧化的速度异常快速，有时烘焙过后会呈现白色。在超市或咖啡店等店面常会贩售便宜的咖啡豆，将那些包装打开一看，可以发现其中混入了许多烘焙不均的豆子，这都是因为省略了手工挑选步骤直接烘焙而造成的结果。
瑕疵豆的分类
黑豆
外观为不透明黑色，按照黑的部分所占整颗咖啡豆比例不同分为全黑与局部黑豆。当黑的区域小于豆体50%，那么就作为局部黑豆处理，否则就作为全黑豆处理。
成因：咖啡果成熟期水分供给不足，影响植物代谢或采摘的未熟豆被高温干燥（高于30摄氏度）
对风味的影响：会产生不舒服的发酵或臭味，脏，霉，酸和酚味。
危害：赫曲霉素A，会危害到肝和肾，虽然有学者研究称80%的毒素经过烘焙（200摄氏度）都会降解，但尽量能挑就挑掉吧。
酸豆
外观颜色有一点点类似淡黄褐色或红褐色，有时候在日晒豆中很容易和银皮的颜色混杂在一起，较难辨认。通常在胚乳点是黑色的(箭头所指位置)，切开豆子时可闻到醋酸类的酸呛味。酸豆分为全酸与局部酸豆两类，区别方法与黑豆类似，如果少于50%的豆体就归于局部酸豆，否则就是全酸豆。
成因：酸豆的主要成因是发酵过度。如果咖啡周边的环境比较潮湿，熟了的咖啡果在树上未及时采摘就会发酵过度；采摘后的咖啡果如果存放时间过长而未及时进行处理，也会发酵过度；水洗中发酵水池脏污，或者用水脏污也会造成酸豆；干燥时，如果咖啡果实干燥缓慢，加上铺叠不当，也会造成咖啡果实发酵过度而形成酸豆。
对风味的影响：过度发酵的酸味，令人反胃恶心。
霉菌豆
霉豆的颜色有点类似酸豆，是黄色或者红褐色，但是一个很明显的区别是，霉豆会有一个小凹斑，有点白色的粉末状在斑处，这些粉末就是霉菌的孢子，非常容易干扰其他生豆。
成因：种植和后期处理中豆有可能造成霉豆。造成霉豆的霉菌在一定的温度和湿度条件下豆可能滋生并感染咖啡生豆。
对风味的影响：霉土味，酚味。猫爷感觉口中那种杂土味比较明显，类似像吃到了一颗坏的瓜子，嘴里很明显的粗糙砂砾感和苦味。跟黑豆一样，有赫曲霉素A的生理病毒危险。
外来物
大体积的外来物是比较容易从外观上辨别，但是像小石子一类的一般很难从生豆中快速的辨识，只能借助辅助设备来剔除杂质，避免对烘焙机以及磨豆机造成影响。
成因：在处理过程中的各个阶段豆都可能引入外来物（多由于人为原因）
对风味的影响：有的外来物会影响生豆导致杯中的瑕疵味
虫蛀豆
虫蛀豆外观上会发现有小孔洞，而且由于虫子钻进钻出一般正反面都有洞，严重的虫洞有时会几个小洞连成一片，而且跟破损豆一样由于豆体被损坏很容易在虫蛀的区域被氧化以及感染霉菌。
成因：虫蛀豆都是种植过程中产生的。咖啡甲虫会钻进咖啡豆中产卵，然后卵虫会寄生在咖啡豆中，吸收咖啡豆的营养。虫蛀豆的虫洞一般是成对出现的（一进一出）。
对风味的影响：脏味，酸味，酚味和霉味。
未熟豆
未熟豆显著的特征是银皮依附比较紧。未熟豆通常较正常生豆小，豆体内凹，两边缘比较锐利。
成因：未熟豆都是种植过程中产生，比如不恰当的采摘和在高海拔地区种植晚熟的咖啡品种。
对风味的影响：青草味，麦秆味。
萎缩豆
萎缩豆比正常豆要小，而且最显著的是有脱水的那种褶皱状，类似葡萄干
成因：萎缩豆只在种植过程中产生，大多是由于干旱导致咖啡树发育不良，无法运送所需的养料给咖啡果实。
对风味的影响：轻微的青草味，麦秆味。
贝壳豆
贝壳豆有两部分，外部的是通常说的“贝壳”形，内部的一部分或者是锥形或者是柱形。
成因：现在研究认为，贝壳豆多是由于品种基因造成，常见于肯尼亚SL28/SL34品种。
对风味的影响：焦呛味（由于贝壳豆密度小，非常容易被烘焙过程中的高温烤焦甚至燃烧
带壳豆
带壳豆一般会全部或者部分被羊皮纸壳覆盖，外观（壳）颜色呈土黄色。
成因：主要是在干燥后的去皮过程中，如果去皮机老化或者调教不当都会造成带壳豆漏过。
对风味的影响：木质味。（如果带壳豆所占比例较多，木质味会很明显）
咖啡生豆是影响风味最主要的因素，因此为了一杯好咖啡，瑕疵豆还是必须清除的，这不仅仅可以保证烘焙的稳定性，也是咖啡容错率的最有效保证
