咖啡树的种类有500多种，品种有6000个，其中多数都是热带树木和灌木。世界上主要的咖啡树有四种，真正具有商业价值而且被大量栽种的只有两种，所产的咖啡豆品质亦冠于其它咖啡树所产的咖啡豆。
第一种是阿拉比卡豆，豆产量占全世界产量的70%，世界著名的蓝山咖啡、摩卡咖啡等，几乎全是阿拉比卡种。另一种是罗巴斯塔种，罗巴斯塔咖啡树原产地在非洲的刚果，其产量约占全世界产量的20%~30%。不同品种的咖啡豆有不同的味道，但即使是相同品种的咖啡树，由于不同土壤、不同气候等影响，生长出的咖啡豆也各具有独特的风味。另外两种为：利比里亚种和埃塞尔萨种。
阿拉比卡种
豆形较小，正面呈长椭圆形，中间裂纹窄而曲折，豆子背面的圆弧形较平整。
阿拉比卡种咖啡多产于南美的巴西、哥伦比亚，中美洲诸国，加勒比海的哥斯达尼加，危地马拉、牙买加、墨西哥以及埃塞俄比亚等国。阿拉比卡咖啡豆颗粒较大，大小一致，颜色均匀有光泽。一般为大家所熟悉的咖啡豆如巴西山多士、苏门答腊曼特宁、叶门摩卡、牙买加蓝山等，都是属于阿拉比卡种的优质咖啡豆。
阿拉比卡种咖啡比较难栽种，它们喜欢温和的白日和较冷的夜晚，太冷、太热、太潮湿的气候都会对它有致命的打击。阿拉比卡种咖啡树需要种在高海拔的倾斜坡地上，在高地（600~1800米）栽培的生长得比较茂盛，而且需要特别的气候条件——全年的平均温度在20摄氏度左右，有充沛的降雨量，而又不会降霜的地区。全世界只有50多个国家有这样的条件，大约都是在赤道南北160公里左右的区域。它的采收一定要人工爬上爬下地进行，难度较大。但由于阿拉比卡种的咖啡豆香味特佳，味道均衡，而且咖啡因含量较小，因此实际栽种量约占咖啡总栽种量的70%。
阿拉比卡种的咖啡因的含量比较低，仅是罗巴斯塔种含量的一半左右，所以其价格比较高。
罗巴斯塔种
豆形较大，正面渐趋圆形，背面呈圆凸形，裂纹直。
罗巴斯塔咖啡树原产地在非洲中西部及东部的马达加斯加岛，亚洲的印度尼西亚，其产量约占全世界产量的20%~30%。罗巴斯塔咖啡树适合种植于海拔500米以下的低地，对环境的适应性极强，能够抵抗恶劣的气候，抗拒病虫侵害，在整地、除草、剪枝时也不需要太多的人工照顾，可以任其在野外生长，是一种容易栽培的咖啡树。但是其成品味道比阿拉比卡种显得苦涩，咖啡因的含量也比较高，品质上也逊色很多，所以大多用来制造即溶（速溶）咖啡。由于主要产地在非洲，所以大部分非洲人都喝罗巴斯塔咖啡。
利比里亚种
利比里亚种即大粒种，原产于非洲利比里亚，以及马来西亚等少数几个国家。它栽培历史比其它两种咖啡树稍短，利比里亚咖啡树适合种植于低地，它的树干又高又壮，有18米高，树叶大而坚韧，果实和咖啡豆也很大。它的种皮紧贴种仁，成熟时为朱红色。引用风味浓烈，咖啡碱含量中等，刺激性强，品质较差。由于它的味道比较独特，需求量低，栽培面值较小，所以生产量也少，不到全世界咖啡产量的5%。
埃塞尔萨种是1904年才发现的一个品种原产于非洲的查理河流域，果小，单株产量高，尤其是一种抗旱品种。产品味香浓烈，稍带苦味，栽培较少。
