并非不使用化学肥料,农药就可称作为有机。必须经由第三方的认证机构对水质,土壤,环境,用药等,定期,不定期做检测,符合条件所给予之认证,方可称作为有机。
认证咖啡：即是经过某个具公信力的单位认证的咖啡，常见的有有机认证、公平交易咖啡。
有机咖啡：不管是否经过认证，采取有机耕作而产出的咖啡。要注意的是有些采取认证途径的农夫，在三年的有机转型期间即出售咖啡，在认证上这不算有机咖啡。
精品咖啡：根据努森（Erna Knutsen）女士首先提出的定义：「特殊气候及地理条件生产出具备独特香气的咖啡豆（Special geographic microclimates produce beans with unique flavor profiles）。」
「有机」与「认证」真的站得住脚吗？消费者购买认证咖啡通常只在意「认证」而非品质。认证不啻成了行销有机农产品的方法。因此对于精品咖啡业者，也就是品质取向的咖啡业者造成冲击。因为只要冠上有机认证咖啡，每磅的价格极高于市场价格10美分（约454公克的咖啡生豆高于市价3.14元台币）。并且所谓认证并不能保证其风味，因为认证只是「符合某些标准｣。
取得认证。因为有机转型期最少三年，他们也得付费认证与审查，对于农夫来说这是个足以陷入资金危机的负担。
另一个问题来于农夫对由于滥用认证而产生的的不信任感及所得无法支持有机的生产模式。
最后是知识上的缺乏。多数咖啡生产国在有机工作研究、推广及教育都远不及传统的商业耕作，对
有机咖啡不得其门而入的农夫们只能选择商业耕作。另外大部分有机耕作的研究都集中在温带气候地区，在咖啡生长的热带气候是行不通的。
既然认证有这些问题，可是我又想喝好咖啡，我们消费者该如何是好呢？
消费者可以做的是──购买前多问，多想几分钟。我们有权利知道我们喝的是什么东西，并要求更多资讯，解决资讯不对等。现今品质优良的咖啡都有充分的资讯表示这批豆子的名称、产区、次产区、处理法、品种、生产者或合作社、收成时间、烘豆师及风味描述等等。我们必须想想，要的只是「认证」，抑或更多？如果无法提供足够消费者所需的资讯那这批咖啡豆为何配得上「认证」？又或者这个认证可信吗？
对业者而言，其实业者在另一方面也是消费者，只是必须考量成本、收益诸多因素，如果能在挑选或进口生豆的时候换个考量方式，如挑选品质优良的生豆并将理念传达给消费者，也可以创造双赢。现在有许多业者采「直接贸易及技术支援」的方式，也就是与产地的农夫合作，逐年生产出更优质的咖啡生豆，一方面可以减少中间不公的剥削，另一方面也得到了高优质咖啡生豆。
