根据国际咖啡组织（ICO）统计，一年全球的
瑕疵豆约150万公吨。
瑕疵豆将由产国自行消费或转用于低价配方豆，制成综合咖啡豆或贱价转卖给即溶咖啡厂，制成三合一咖啡等。
杂苦味、泥巴味、咸涩味和酸败味等，就是
瑕疵豆的味道总合，令人难以下咽，一杯咖啡只要有一颗黑豆或酸臭豆，就足以毁了一杯好咖啡，唯有零瑕疵豆才能符合Clean cup的标准，精品咖啡的“地域之味”才能显现出来。不干不净的
瑕疵豆是精品咖啡最大的杀手。
好品质的咖啡豆都会进行挑豆，现在许多专业的独立咖啡店也常会说自己的咖啡有经过挑豆，那么挑豆到底在挑什么？
所谓的
瑕疵豆 （defected beans） 就是品质不好、坏掉的咖啡豆；或是咖啡豆以外混杂在整袋咖啡豆里的物质。在咖啡生豆烘焙之前我们会进行挑豆。
咖啡生豆主要的瑕疵有几类：
外来物质
咖啡豆以外的物质如小碎石、沙子、树枝等各式杂物，会因为在加工处理过程中没有特别挑出剔除，而被一并收到整批咖啡豆袋里面。（生产过程请参考关于你手中的那杯咖啡）
全黑豆、半黑豆
不成熟的豆子在处理过程中过度发酵，导致微生物感染。会让咖啡有发酵味、酸臭味、酚味（药物味）。生豆外观发黑或成深褐色为主要判别方式。
全酸豆、局部酸豆
采收与生豆处理时，因微生物侵入感染，发生污染性发酵。会让咖啡有发酵味、霉味、土味、刺激性酸味。酸豆外观有局部瘀青及发霉的征象。
发霉豆
储存过程温湿度不良为主因。会让咖啡味道混杂，和发酵味、霉味、土味、酚味（药物味）等。生豆表面会有抠不掉的浅绿色薄膜。
带榖豆
去除外壳时产生瑕疵导致部份生豆外壳没有去除干净。
虫蛀豆
咖啡螟虫在咖啡果实成熟时侵入繁殖，幼虫啃食果实成长。会让咖啡有腐臭味、浊味、霉味、刺激性酸。生豆表面会有一个或多个坑洞。
未熟豆
咖啡未成熟或局部成熟即被采收。会让咖啡有有稻杆味或草青味，会严重破坏口感。生豆中央会凹陷成半月型状。
凋萎豆
营养不良或生长时缺乏水分。会让咖啡有酵味、霉味、土味等味道或异味不强烈，但是会影响咖啡的滋味。生豆会有皱折。
贝壳豆
遗传基因的变异造成。造成烘焙不匀，容易碳化产生焦味，过多炭化的成份会对健康产生不良的影响。中空的生豆。
破碎豆
处理过程损伤。缺口处易发霉，或是烘焙时产生烘焙不匀。因为刀割、或是碰撞所产生碎裂等非完整的生豆。
当我们把上面这些
瑕疵豆挑干净之后就会开始烘培，完成之后，部分厂商或店家会在挑一次
瑕疵豆，把烤焦的豆子和一些在挑生豆时没挑干净的
瑕疵豆，像是带谷豆、虫蛀豆、凋萎豆、破碎豆等一些比较明显的瑕疵，还有一种只有在烘焙完成之后才会出现的瑕疵：
白豆（又称死豆）
未成熟或局部成熟的咖啡豆，烘焙后呈象牙色。会让咖啡有生涩的稻杆味或草青味。
由于
瑕疵豆的种类过多无法用机器挑选，只能人工一颗一颗的用手挑出来，让挑豆成为一件非常花时间与人力成本的事，除此之外，挑出来的
瑕疵豆会占总产量的一至二成以上，而这些
瑕疵豆会直接被舍弃，这也大大增加了货物成本，所以有些厂商或店家会省去这个既花钱又花时间的步骤。
那么，不挑又会怎样呢？这些
瑕疵豆会让一杯咖啡产生令人不舒服的味道，像是霉味、腐败或腐臭味、尖锐且刺激的酸等等味道及口感。然而部分厂商，会把咖啡豆烘深一点烘，让咖啡喝起来苦苦焦焦的，来掩盖这些不好的味道。但尽管这些不好的味道会被焦苦味掩盖，身体也会因为这些不好的、坏掉的
瑕疵豆做出反应，像是头痛、肚子痛等等，比较敏感的人还会心悸、反胃，甚至恶心想吐。而这些感觉及状况让不了解咖啡的人，或是刚接触咖啡的人退避三舍。
瑕疵豆基本上就是坏掉的咖啡豆，喝到这些坏掉的东西，身体会产生排斥反应也是正常的，如果有机会喝一杯用
瑕疵豆煮的咖啡，就能体会
瑕疵豆是多可怕的东西。
瑕疵豆不仅让咖啡变难喝，还会伤身体，也可能造成磨豆机与设备的损害。
不过要知道， 瑕疵豆跟大小不均的豆子的区别。以埃塞俄比亚的咖啡为例，因为品种的原因，看起来是大小不一，甚至会有烘焙不均，这些都很正常，并不能称之为瑕疵豆！
