除了获得国际公平贸易认证，合作社使用有机农法，以保护当地水源生态为目标。此永续农法也获得美国、欧盟及日本有机认证。能够得到认证，证明这产品符合有关商标的原则与规定。别以为这很容易，要获得有机认证，特别系欧盟的认证，需要通过一系列的严格监控和规定。
就欧盟认证来说，拥有此商标（如图示）代表以下几点：
该产品中最少95%的农产材料是有机的
在生产上受法律严格监控，严格限制抗生素、化学农药和化肥在过程上的使用
有机耕作严格限制食品添加剂、加工助剂及其他添加。
产品含少于0.9%的经基因改造的生物
以上几点真正代表著什么？作为普通人的我们，选择
有机咖啡豆在生活上有什么影响或转变？其实，单单对于个人健康的正面影响已值得我们支持有机咖啡了。咖啡是植物应该大家也知道，而受法规严格监控下所生产的农作物，零污染和天然无害当然较可信赖。少了人为添加的东西，咖啡的原来味道就来得更纯粹，对身体的损害亦能减少。
除了对个人健康有正面影响，对于自然环境、生态、人民关怀方面的影响也是好多于坏。在欧美地区的人民如此欣赏和支持有机产品，原因除了更健康，还有就是表达对我们所在环境的关怀。像Kopepi Ketiara咖啡农合作社一样，她们以可持续的方式生产，过程尊重自然及环境，这使合作社也在保护环境的情况下持续发展。能够持续发展，也表示合作社的女性成员能有更多的发展机会，而合作社也能够继续带来优质的咖啡。这个正面的循环对整个生态可谓百利而无一害。
有机认证这个制度，最被诟病的大概是下面两项：
（1）很多标明“有机认证”的咖啡，实际上却不符合规定。举例而言，美国农业部（USDA）的督察员通常一年只到咖啡园视察一天，而且只要无人检举，一般都不会去作土壤检测（soil test）或组织检测（tissue test），至于检测之外的日子，只有咖啡农自己知道有没有作违规的事。
（2）认证费用太高。以哥斯达黎加为例，3～4公顷的咖啡园，认证年费要700美元，这还只是哥斯达黎加的本国认证；如果另外申请美国农业部（USDA）的认证，费用就更高了。所以有些贫穷的咖啡小农，其种植方式明明合乎“有机”的一切规定，却因为缴不起年费而拿不到认证；反过来说，也不乏已经拿到认证的庄园，实际上却名不符实。
除了上面被批评得最多的这两点，当然还有一些其他缺失，例如经常发生的，检测员收受贿赂，放宽检测标准之类，这里就不再讨论了。
有机咖啡豆，虽然推广起来充满艰难，但从长远看，仍是一条必须要走的道路。尤其近几年地球暖化速度加剧，咖啡也受到很大冲击，不少原本适合种植咖啡的地区，条件开始转劣。专家指出，有机农业，对暖化现象本来就有缓解作用，而咖啡的有机耕作，特别是种植荫树这一点，更是减缓地球暖化的好对策之一。我衷心希望有那么一天，所有咖啡都是有机咖啡，那么至少不会像今天这样，当我面临“好风味”和“有机”却只能二选一的时候，常常会下了决定，却在心头浮上一丝内疚的感觉。
［注1］1953年，美国科学家Norman Borlaug在墨西哥育出“奇迹麦”，生产量为传统麦种的五倍，使墨西哥和印度从小麦进口国转为出口国（Borlaug因此获得1970诺贝尔奖）；1968年，国际大米研究中心（IRRI），在菲律宾育出“奇迹米”，产量至少增为原来的2.5倍。
［注2］荫树对于咖啡树有诸多好处，例如，
（1）挡掉多余的阳光；
（2）保护土壤及水源；
（3）荫树下的凉爽环境可以减少虫害；
（4）土地深处的矿物质，可以透过枯枝和落叶带到地面，增加表土肥份；
（5）提供鸟类和蝙蝠栖息环境，抑制部分害虫数量；
（6）可以降低咖啡果实周边的温度，因而减缓果实成熟的时间，孕育出较多风味。
［注3］人工制造的除草剂和杀虫剂从来就不便宜，举个近年的实例：2007至2008，此类产品在全球许多地区之涨幅都超过一倍。
［注4］有例外。例如，夏威夷有名的咖啡产地，Kona，因为每天都有自然形成的云层遮蔽适量阳光，就是不需要荫树的少数种植区。
