医学界逐渐担心低因咖啡残留的苯,会对人体造成伤害。化学家又研发出没有安全顾虑的萃取溶剂二氯甲烷、乙酸乙酯。二氯甲烷的好处是沸点很低,加温到摄氏四十度就挥发掉。美国食品暨药物管理局(Food and Drug Administration)经过多年检验,於一九八五年通过二氯甲烷为合法的咖啡因萃取溶剂。至於乙酸乙酯则更安全,因为有些水果所含的乙酸乙酯还高於低因咖啡的残留量,也被美国列为合法萃取液。溶剂萃取法可分为直接与间接两种方式。但两种方法的前置作业相同,都必需先进行软化处理,即咖啡豆以高压高温蒸过,豆表膨胀,和液体接触面积因而增加,然後再置入二氯甲烷或乙酸乙酯溶剂,萃取出咖啡因,这叫做直接法,也就是罗塞鲁斯采用的方法,所不同是萃取液,过去使用有毒的苯,而今采用安全的二氯甲烷或乙酸乙酯。别一种间接式萃取法,即咖啡豆经过软化处理,置入温水中,豆内的咖啡因和其他成分溶入温水中,此时的溶液几乎成了咖啡精华液,然後再导入另一容器,加入二氯甲烷或乙酸乙脂,把咖啡因萃取出,稍微加热咖啡因就会随着萃取溶液蒸发掉。最後,再把不含咖啡因的精华液导入先前被温水萃取的咖啡豆,重新吸收或回补流失的成分。一般而言,间接式萃取法会丧失较多的咖啡风味,不如直接萃取法理想。