一般而言，咖啡的烘焙主要的作用在于：利用热能作用来转变咖啡中的成份，并将啡中的细胞壁打开，让咖啡的精华成份容易溶解出来。而在烘焙的过程中，也利用热能，让咖啡中的水份挥发，并将其中不良的风味带走，或是将其转化成良好的风味。
因此，在咖啡豆烘焙程度的取决上，会依其特性而有不同的变化，如咖啡生豆原本的风味不好 （霉味、发酵味等不好的气味） 就必须作长时间的烘焙来将其气味消除，或是做深度烘焙来盖过其味道，但是因为用烘焙度来盖过其原本的味道，所呈现出来的就不是咖啡的原本风味与香气，而是一般所谓的咖啡香及咖啡味，且咖啡豆成份也因长时间及高温的烘焙，开始焦糖化与炭化而产生苦味与香气，而这些成份也通常会引起身体的不适感。
而经过深度烘焙的咖啡豆，其油脂较容易浮现在咖啡豆表面，一但跟空气接触就会开始产生氧化作用，而这氧化作用也让咖啡豆开始酸化，而产生不良的酸味，而这刺激酸味，就是一般喝咖啡时所不喜欢的酸味，当然对身体也不好。
但如果是较精选的咖啡豆或是高海拔地区的咖啡豆，咖啡生豆原始风味良好，通常花果的香气非常明显或保有特殊的产区风味，此时的烘焙就应该以保留其良好的气味为主，不可用一般的烘焙方式来处理，避免去破坏其味道；因此烘焙度通常会以中浅烘焙为主，所以，咖啡豆会带有特有的产区风味，香气会有舒适的花果香气与甜味，味道会比较清爽带有水果的酸味与甜味，口感滑顺而不失其醇度。
其实，咖啡的烘焙就像是在煎牛排一样，越好的牛肉就不应该过度煎煮，而去破坏其原始的风味；咖啡也是一样，越高品质的咖啡生豆，就不应该过度的烘焙，而去破坏其原本的精华。
但是，为什么市面上的咖啡，都会烘焙过度呢？因为烘焙较深，相对的，咖啡的味道也会较浓、较苦也比较有咖啡香，比较符合一般大众对咖啡的印象，加入糖跟奶精后，才不会被盖过去，当然，如果使用的是一般的咖啡生豆，也不得不用深烘焙来盖过其不好的风味。就像茶叶一样，平地的茶叶通常会比较浓苦，而高山茶通常会比较清爽回甘。而咖啡豆只要烘焙到一定的程度，就不会有酸味，只剩下苦味，这也是一般大众所喜欢的咖啡。
当然，也有些咖啡确实能够以深烘焙才能够完全表现出其特有的风味，但是在考量健康与美味之间的选择上，我们希望能以健康为前提，提供对身体不会产生不良影响的咖啡，让喝咖啡对身体是种享受而不是负担。
如何判断咖啡的好坏呢？喝咖啡，除了香气与口中的味道之外，最重要的是身体的感觉，试著含一口黑咖啡在口中，等温度跟体温一致时，接著慢慢的滑入食道与胃部，良好的咖啡会让您感觉一股暖流通过食道，在胃部会有舒适的感觉，在通过喉咙时，会有放松的感觉，口中会残留咖啡的余韵，接著再喝一口水，水会变得非常的甘甜；不好的咖啡，在食道与胃部会产生刺激感让人觉得不舒服，在口中会残留干涩的感觉，会让您想要喝水去冲淡。当然，如果一开始就加入糖或奶精的话，就比较没办法去分辨了。
在此，要替咖啡因说些公道话，一般都认为咖啡因是引起心悸、头痛、失眠与身体的不适，而一些所谓的咖啡专家又说，烘焙度越深，咖啡因越少，对人体的影响就越少；当然，在烘焙的过成中，咖啡因会因烘焙而减少，但也会不会因为烘焙过深，将好的咖啡成份转变成对人体有不好影响的成份呢？如果是良质的咖啡生豆，其本身的咖啡因质地是良好的，因此，保留其良好的咖啡因，会让人放松，感觉舒适；但如果是劣质的咖啡豆，其咖啡因较刺激，既使烘焙再深，其咖啡因的影响还是存在，更多了因咖啡炭化所产生的不良物质，对身体反而影响更大。而一般会引起身体不适、心悸的咖啡，大多是带有苦涩味，或是带有刺激酸味〈咖啡油脂氧化而酸化〉的咖啡，而咖啡因除非经过 230 度以上的高温烘焙，否则还是会残留，而经过这么高温的烘焙，其物质也大多都炭化了……炭化也容易产生致癌物……
因为开始接触咖啡烘焙之后，才会更了解咖啡的本质
