咖啡果可分为两个主要部分，果皮和种子。
果皮
果皮是果实的外层三层：外果皮（皮），中果皮（粘液）和内果皮（羊皮纸）。
外果皮（皮）
外果皮，也称为果皮，果皮或外果皮，是咖啡果实的最外层。它由单层紧密薄壁细胞（具有薄的主要壁的细胞形成，其含有叶绿体并且能够吸收水）形成。果实发育开始时外果皮的颜色是绿色的，因为叶绿体的存在随着果实的成熟而消失（Castro和Marracini，2006）。成熟时的颜色取决于咖啡种类，但最常见的是红色或黄色。红色皮肤颜色来自花青素色素，而黄色皮肤颜色归因于木犀草素（Borem，2008）。
Mesocarp（粘液）
中果皮，也称为粘液，是咖啡果实的果肉。虽然“纸浆”有时仅指中果皮，但该术语通常指的是外果皮和在制浆过程中去除的中果皮的一部分的组合。在未成熟的咖啡果实中，组织是刚性的。随着成熟，果胶酶分解果胶链，产生富含糖和果胶的不溶性水凝胶（Borem，2008）。研究表明，随着海拔高度的增加，中果皮的粘液/水比率增加（Borem，2008）。在湿法处理方法中，通过受控发酵除去该粘液层。在干法中，粘液以及外果皮和内果皮在干燥过程中保持完整（参见收获和收获后）以获取更多信息）。
内果皮（羊皮纸）
内果皮或羊皮纸是果皮的最内层，是包裹咖啡豆的船体。它由三到七层厚壁细胞（纤维细胞作为植物中的主要支持细胞）组成。在咖啡果实成熟期间，内果皮的细胞硬化，因此限制了咖啡种子或豆的最终尺寸。在阿拉比卡咖啡中，含水量为11％的羊皮纸的平均重量约为咖啡总重量的3.8％（Wilbaux，1961，Borém引用，2008）。
种子
咖啡种子或豆类包括银皮，胚乳和胚。咖啡种子（豆）大小各不相同;然而，它们平均长10毫米，宽6毫米。
银色皮肤
银皮，也称为perisperm或spermoderm，是包裹种子的最外层。它由胚珠的珠心或中央部分形成。一般来说，一些残留的银色皮肤留在豆类预烤上，并在咖啡烘烤过程中脱落为谷壳。银色的皮肤可以从豆子上抛光;然而，人们普遍认为这会减少咖啡的味道。还提出在研磨咖啡上存在大量银皮是在其理想成熟之前采摘咖啡的标志。在某些地区，银色皮肤可能呈现较暗的色调，在这种情况下，豆类被称为狐狸豆。狐狸豆不被认为是缺陷。
胚乳
胚乳是种子的主要储备组织，并且仅由一种组织组成，尽管胚乳外部和内部的细胞的油含量和细胞壁厚度不同。胚乳的化学成分是最重要的，因为它是烘焙咖啡的风味和香气的前体。在胚乳中发现的化合物可以分类为可溶于水或不溶于水。水溶性化合物是咖啡因，葫芦巴碱，烟酸（烟酸），至少18种绿原酸，单糖，二糖和低聚糖，一些蛋白质和矿物质，以及羧酸。不溶于水的组分包括纤维素，多糖，木质素和半纤维素，以及一些蛋白质，矿物质和脂质（Borem，2008）。
胎
胚胎由下胚轴（胚轴）和两个子叶组成，长3-4毫米（Wintgens，2009）。咖啡种子通过表皮萌发发芽，其中下胚轴伸长并将种子向上推到地上。原来的子叶留在地下;然而，将会形成新的子叶。
