一般正常情况下，树龄4—5年的咖啡树都会开花，花期约在2—3月。它的花朵，是白色管状花瓣，带著茉莉般的芳香。咖啡花在外观和气味与茉莉花相似，开花时紧生于咖啡树枝呈簇状。白色的花瓣及清淡的茉莉花香，显得高贵优雅，但可惜它的花期极短约3—5天。因此能够欣赏咖啡园内咖啡花海的盛况是非常难得的机会。
未成熟咖啡果实为绿色，经过6—7个月的成熟期后，成熟的果实外皮呈红色，由于其形状、颜色与樱桃相似，因此，外国人称成熟咖啡果实为樱桃（Cherry）。
咖啡樱桃的结构是这样的：红皮（外果皮）下面是有一层果肉（中果皮）里面有一个小薄层，再往里是一层像羊皮纸一样的物质——内果皮。在所有这些果皮的里面同时有两粒平面相对的豆子，豆子外面有一层薄膜或外皮。
大多数正常的咖啡树会产一些比一般的要小些的咖啡樱桃，樱桃当中只有只有一个豆。这种单豆咖啡有不同的叫法：单粒圆咖啡豆、珠粒或者螺旋咖啡豆。它没有扁平的一面而是又小又几乎完全是圆形。将这类豆分拣出来放在一起就是珠粒咖啡，它比产自同一棵树上的普通咖啡豆卖的价钱要稍高些。很多人声称珠粒咖啡的口感会更好，这可能是特殊分拣造成的。特殊分拣法可以将任何有欠点的豆子一一拣出来，加上数量少，品质也因此得到进一步的保证。
不同品种、不同地理区域的咖啡豆，其成熟期是不同的。大多数阿拉比卡咖啡豆的成熟期是6—8个月，罗布斯塔咖啡豆是9—11个月。
在赤道以北（如埃塞俄比亚和中美洲）的地区，一般都在9—11月份收获一次；赤道以南，如巴西和津巴布韦（Zimbabwe）地区，尽管收获期能持续到8月份，但主要的一次是在4月或5月；赤道地区的国家，如乌干达（Uganda）和哥伦比亚，全年都能收获，尤其是那些能善于利用各种不同海拔高度的种植园。因此，一年的多数时间都可能有新收的咖啡豆。
当咖啡果实成熟，要立刻采收，但当同一株树上出现不同成熟期的果实，采收工作就不是一件容易的事，既耗时亦耗工。一般来说，从初期采收到完全采取时间长达4—5 个月，但如果将成熟与未成熟的果实同时摘取，则会降低咖啡的品质，因此多数咖啡坚持以人工方式将成熟果实一颗一颗，小心翼翼的从咖啡树上摘取下来，保持最完美的咖啡味道。一年之间一株典型的阿拉比卡咖啡树生产的果实不到5 公斤，可制成约1公斤的咖啡豆。
当一棵树的大部分咖啡樱桃都成熟时，一个采摘者可能会“剥摘”整棵树，用手指沿著树枝滑下去，让熟了和不熟的咖啡樱桃都落到地上去，然后用耙子耙起来，并由工人进行“扬糠”。
工人拿著一个大孔的筛子将耙在一起的咖啡樱桃向空中投扬几次：嫩枝、叶子、咖啡樱桃和灰尘被扬得很高，工人就像变戏法一样，当风把稍微轻的东西吹到一边时接住下落的咖啡樱桃。
当咖啡果实采收下来，首先要去除外皮和果肉，再将取出的咖啡豆发酵晒干加工制成生豆。咖啡果实富含水分，稍微挤一下就爆浆了，汁液则有淡雅的清甜味。撕开果肉，由果胶层保护的羊皮层（又称豆壳、种壳、内果皮）就蹦出来了。而果肉洗干净后，可拿去泡果肉茶、或酿成咖啡浆果酒、或直接当肥料使用。
手工剥摘的一个主要的问题是其中有很多咖啡樱桃并不处在最适成熟期，这些没熟好或熟过了的咖啡樱桃必须额外地挑选出来，不然就会降低咖啡的等级。以手工分拣咖啡樱桃开始，最优质的阿拉比卡要经过好几次的筛选，最初的手工分拣经常由妇女和儿童来完成。
所摘咖啡豆的数量取决于多种因素，最显而易见的就是树的高矮和弄成或种植园的布局。一般的农场平均每个采摘工一天能摘50—100公斤。可是这些重量中只有20是真正的咖啡豆，因此平均每个采摘工只能摘10—20公斤的咖啡豆。咖啡豆袋的标准重量为45—60公斤的袋子。所以一个工人需要3—6天的时间才能装满一袋。
有人计算过，一个种植园或农场收获时的费用是全年总费用的一半。在巴西，人们已多次尝试用机械采摘机来降低这些费用。这种机器横跨在咖啡树上摇动树枝，这样那些因熟透而变得松动的浆果就会掉下来落入漏斗里。机械采摘机只在自然条件较好的地带适用，而且它们需要事先，因为只有在能一排排地把树种得很直的地方才能使用这种机器，事后还需要检查机器采摘的咖啡豆，把掉在漏斗里的叶子和树枝拣出去。
所以，很大一部分咖啡都是手工采摘，这就需要大量的季节性劳作，采摘工必须得注意不能摘不熟的、坏的、或太熟的咖啡豆，因为他们会影响所收获的整体品质。那些已经不太好的咖啡豆被称作“普通的”、“酸的”或者“发酵的”而加以分类，最后一种是极差品。
水洗式（wet method）
先将咖啡樱桃外层的果肉除去，然后浸泡在一个很大的盛满水的水泥槽内。经过发酵处理之后，水洗式咖啡会有一种特有的鲜明清澈的风味。发酵过后的咖啡豆再以清水洗过，然后排除水份再放在阳光下晒干或是用机器干燥之。最后用脱壳机将肉果皮和银皮除了，即可进行筛选并分成不同等级的生咖啡豆。
干燥式（dry method）
处理方式是将咖啡樱桃广布在曝晒场上两个星期，每天用耙扫过几次，咖啡豆可以干的比较均匀。当晒干之后，咖啡豆会与外皮分开，以脱壳机将干掉了的果肉，肉果皮去除，然后经过筛选并分成不同的等级。
水洗式或干燥式都能生产出最优质的咖啡。水洗咖啡一般来讲会有比较鲜明的酸度和一致的风味；干燥式咖啡的酸度则比较低，风味也比较多变化。哥伦比亚，肯尼亚，哥斯达黎加，危地马拉，墨西哥，和夏威夷等地都用水洗式的方法。国家包括巴西，依索匹亚，和印尼生产的咖啡大部分都是用干燥式处理法，但是也有生产一些水洗式的咖啡。咖啡的筛选和等级是根据豆的颗粒大小和浓度来决定的，另外也取决于一磅豆内有多少的缺点豆（成熟豆下面碎掉的豆，等等）。就像是最好的葡萄酒，专业咖啡在生产过程中谨慎甚细心处理和选择可以从豆的品质上看得出来，因为产品上会有独特的表征，它代表着产地，气候和种植者。
