水洗需要使用特殊的机器设备及充足的水源。当适当的处理后，可以更加突显咖啡豆本身的特殊特性。而且，不良豆的数量也可以在水洗过程中大量移除，让咖啡豆的质量更加的提升。水洗咖啡的程序在中美洲及南美洲国家被广泛的使用。
当咖啡果实从山上采收下来后 ， 接下来的就是去除果皮及果肉以取得的咖啡豆 。 主要的处理方式有两种 : 水洗及日晒。 但最终决定因素在于是否有充足的水源可以使用。 有些特殊的精品咖啡同时采用日晒及水洗的两种方式。
咖啡豆在采收后，初步会先做简单的挑选已去除杂质。之后，一卡车一卡车的货车会将咖啡豆载到并到入大型的水槽中，干净且流动的水会将咖啡豆冲至水道中清洗。成熟的咖啡豆应密度较高，会沉在水道下面。而破损的咖啡果实、树枝、树叶、及较轻的杂质会浮在水面上，由水道的上方用滤网做隔离并移除。
在经过水道的清洗及分类后 ，成熟的果实会经过去果肉机将果肉移除。这个步骤是与日晒咖啡最不同的地方，因为在日晒前咖啡果肉与咖啡豆已经先行分离。
咖啡豆的外层这时候还有一层黏稠软质的羊皮纸包着，刚好可以保护咖啡豆的完整性。水洗程序应该在咖啡采收后应立即进行，以避免果肉腐烂造成味道沾染让咖啡豆的质量降低。
之后 ，咖啡豆会被放至于机械式的滤网上。摇动的滤网会在将上个水洗步骤没分离的未成熟豆及不良豆分离。成功滤过的咖啡豆二度放至于水道中，用清水做再次的清理与分类。
由于经过去果肉机，势必会有些残留的果肉还附着在咖啡豆的羊皮纸上。咖啡豆这时候会被放置于发酵槽中用天然的酵素去分解这些残留的果肉及羊皮纸。通常发酵过程在 24~36 小时内结束，时间长短取决于温度、残余果肉的厚度、及酵素的浓度。再来，咖啡豆会再用清水洗净直到果肉及羊皮纸移除。发酵过程必须严格监控，不然，一些不良的酸味或味道会沾染在咖啡豆上。在处理完后，咖啡豆的表层会变的较为粗糙，不具先前的黏稠感。
在经过发酵及水洗后的咖啡豆 ，含水量约为 57% 。由于咖啡豆过度潮湿，通常会用机器烘干或日晒方式将含水量降低至 12.5% 。如果使用机器烘干，通常 2~3 天就可以有效的降低含水量至理想数据。如果使用日晒方式，需要天气配合，且相对时间将延长到 1~2 周。
当有效降低咖啡豆含水量到达 12.5% 后，咖啡豆会被储藏起来等待出口。最后，在咖啡出口前，干掉羊皮纸及最后一层的银皮会使用机器移除。然后，再经过清理、筛选、分类、分级、及包装等步骤。
水洗的咖啡豆可让咖啡的口感较为干净无杂味及具有迷人的果香味。 水洗后的咖啡豆颜色会较偏向蓝绿色或灰绿色。 水洗过程的咖啡口感较清澈、明显亮丽、且不带杂味。
