目前，有五种除去胶质体的方法：1自然发酵法，2化学去胶法，3物理去胶法，4酵素去胶法，5水洗去胶法。接着将逐项加以论及。
1. 自然发酵法
这是至今还被普遍使用的一种方法。将去除过果皮的咖啡豆倒进发酵槽，让细菌和霉菌把胶质体分解成可溶性物质，再用水洗掉。
这种方式适合在80℉至90℉（26.5℃-32℃）之间运作。温度太高会破坏咖啡品质，温度太低则减缓发酵速度。
发酵槽有木制和水泥制。木制的比水泥制的效果更佳，因为能够保住发酵过程所产生的热量，甚至在较冷的气温下，不必依靠人工加温，温度也会自然逐渐增加。蒸气加温即被应用在水泥制的发酵槽，对发酵中的果实有加温的效果。
在夏威夷，木制槽一般都是用红木制成。通常是四英尺深，四英尺宽和四英尺长。
注：发酵槽在每次咖啡发酵之后，都要加以清洗干净，除去所有杂味。
当咖啡从机器出来之后，要用发酵桶子或发酵槽来承接着。这很重要，将大量的咖啡装进发酵槽内，不使发酵作用所产生的热轻易散失，使其有较长时间完成发酵步骤。
至少装到槽的一半深，装到一半多一些更好，14-18小时后将可完成发酵动作。时间长短因温度而定，温度高则发酵快，温度低则发酵较慢。例如在哥伦比亚，咖啡在槽内发酵时间大约需要30小时。
当胶质体完全分解之后，必须即时停止发酵。可以用几个简单方式来做判断：1将咖啡豆拿到清水里用手搓洗。假使不再滑溜，表示发酵已经完成。 2生产者亦能凭经验依发酵槽内的咖啡量、温度和周遭因素，来判断出完成发酵所需要的时间。
注意：假使发酵完成后，咖啡豆还一直留置在发酵槽内太久时间，将会坏掉。发酵作用的第一个反应就是因细菌和霉菌的作用，将胶质体分解成为糖份和蛋白质的混 合物。当糖份和蛋白质的数量增加以后，其它细菌即开始对这些成份发生作用。持别是导致腐败的细菌会将蛋白质分解成具有臭味的成份。发酵作用完成后，将咖啡 豆留置在发酵槽内，咖啡豆将会吸入这些气味。而且，导致腐败的细菌也会对咖啡豆本身的蛋白质发挥作用，特别是受到去果皮机器伤害到的咖啡豆。结果变成带有 臭味受玷污的咖啡豆，例如「酸臭豆」。只要有这么一小部份，将会影向整批咖啡豆的品质。
因此之故，在发酵完成后，必须马上将咖啡豆用清水洗净。清洗过后，将水排掉，接着进行干燥步骤。
在夏威夷，是将咖啡豆倒入底部装有筛子的振动机内进行排水步骤。然后将咖啡豆搬移到晒豆场或是干燥机。这时，咖啡豆还沾满清水，尽可能洗干净。
最后，确定在整个操作完成后，无论去果皮机、发酵槽和振动机内没有残留任何咖啡豆。在下一批操作之前，这些咖啡豆将会发酵而腐败。一粒酸臭咖啡豆就是一个严重的缺陷。
2. 控制酵素作用
为了排除在自然发酵作用中所产生复杂的危险性，有一些方法被设计出来应用在去除咖啡的胶质体。其中之一就是酵素作用（一种控制发酵的作用）。
在自然发酵作用中，无法控制酵素的型态。以致于包括腐败在内的几种反应同时发生。如果加入指定的酵素，将可控制反应作用。去果胶酵素很适合应用在这个目的。
准备去除果皮后咖啡豆重量0.2﹪的去果胶酵素，加进这些咖啡豆内，混合液的温度在75℉到85℉（23.8℃-29.4℃）之间，一小时内将可完全把胶质完全分解。但是酵素的价格却很贵，商业建议用量为去果皮后咖啡豆重量的0.025﹪。这样，视温度而定，大约需要5-10小时，才能完全分解胶质体。
3. 化学去胶法
像蕃茄之类的种子上也有胶质，一般都能够用氢氧化纳或木灰等碱性稀释液给除掉。将化学应用在咖啡去胶上，只有几年时间。把去掉果皮的咖啡豆与6﹪的氢氧化纳掺合一起，只要几秒钟，胶质即被分解掉。这溶解出来的胶质会使反应的速度变慢，以致需要更多量溶液。这种方式却可节省化学物的费用。
机器曾被设计来混合去掉果皮的咖啡豆和溶液，而后继续洗掉被分解出来的胶质。每粒咖啡豆的胶质在片刻间被除掉。咖啡豆从去果皮机出来后，不到几分钟即可晒干。
大家所关心的品质问题，已经有不少证明经过碱处理的咖啡豆，不会受到任何影向。碱处理过的咖啡豆其发芽情况与经发酵去胶法的咖啡豆相似。
这种方法的损失就是增加成本和产生化学腐蚀物。氢氧化纳会又伤害皮肤。并不建议家庭式小型农场使用这种方法。
4. 物理去胶法
过去几年，已经设计出几型物理去胶机器，其中以”aqua pulpa”和Hess型咖啡水洗机最有名。而且都已作做商业量产。
aqua pulpa是结合高压喷水和摩擦效果的混合型机器。能够同时去除果皮和去除胶质，或者仅做去胶质用。需要18至24马力（18-24hp），以及大量的水。这机器不适合像Kona这种电价高昂、水量有限的地方。
Hess型咖啡水洗机是一部重型机器，将整批咖啡豆在方格子间急速来回摇摆。靠着彼此摩擦、互相碰撞，而将胶质自咖啡豆拨落。此机器的标准型已在美国贩售，只是机型不够大，无法配合现时夏威夷普遍使用的标准型去果皮机的产能。
这机器的主要缺点是价格高，而且耗电量高（3hp供机器去胶质作业每小时以20袋计算），机器又苯重。由于主要依靠来回交互动作，需要建立在像水泥类的稳固基础上。每次操作后，又很不易清理。
现在已经由Kona实验分站开发出一种新机器（称为Fukunaga型）。这机器只需一马力（1hp）的马达，能够在一小时内处理30袋咖啡果实，这种效率与目前在夏威夷普遍使用的去果皮机相同。利用滚轮设备，摆动小，便于携带。容易清理。在夏威夷的Kona已经看得到其踪影。
5. 温水去胶法
将去掉果皮的咖啡豆放进110-120℉（43.3-48.8℃）微温的水中，加以激烈搅动，咖啡豆上的胶质将可被除去。 Fukunaga型去胶机器与这种去胶质方式很相似。只需用少量温水，1/2马力（1/2hp）的马达，一小时内能够处理咖啡果实30袋。
