1696年，当时荷兰驻印度Malabar的总督将一批咖啡苗送给荷兰驻巴达维亚batavia（今雅加达Jarkata）的总督，这是印尼首次种植咖啡。不过，这第一批咖啡苗被洪水冲毁。1699年，巴达维亚再次接受馈赠，这一次，咖啡苗顺利成活下来，并在1701年迎来第一次收获，开启了印尼的咖啡之旅。
最初，咖啡种植于雅加达及附近区域，后来，种植区域逐渐扩大到爪哇中部及东部，苏拉威西岛、苏门答腊岛、巴厘岛也开始种植。与此同时，在印尼东部，当时隶属葡萄牙领地的弗洛勒斯岛Flores及帝汶岛Timor也有咖啡种植，只是咖啡苗的源头不同。
1711年印尼咖啡就开始供应欧洲市场，彼时，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一个大规模种植咖啡的国家。18世纪80年代成为当时世界最大咖啡出口地。Java咖啡的声名始于此。
印尼咖啡的繁荣的未能持续，18世纪末咖啡生产受到致命打击，最初发现于西爪哇的叶锈病迅速蔓延，摧毁了印尼的阿拉比卡咖啡庄园。咖啡贸易的首领地位被美洲产国取代。不过，值得一提到是，这场叶锈病灾难并没有祸及东部印尼产区，即弗洛勒斯岛和帝汶，现今，帝汶的某些咖啡树，其基因可以追溯到16、17世纪。
根据ICO数据，2013年，印尼咖啡产量居世界第三位，虽然80%都是罗布斯塔 最具传奇风味的产区，知名咖啡标识包括曼特宁Mandheling, 林东Lintong，加尤山Gayo Mountain。
苏门答腊岛，旧称“金岛 ”、“金洲”，因富含黄金矿藏知名。
苏门答腊岛地形狭长，岛上地形主要是由西北至东南方向纵观全岛的巴里散山脉Barisan Mountains及东部低地。山脉绵延，拥有90多座火山和众多火山湖，火山提供了适宜咖啡生长的肥沃的土壤。为热带雨林气候，终年高温多雨。
苏门答腊岛是印尼咖啡的最大产地，知名咖啡的种植区主要集中在北部山地，包括最北端的亚齐省Aceh，北苏门答腊省Sumatera Utara。包括知名的曼特宁Mandheling, 林东Lintong，加尤山Gayo Mountain。
Mandheling咖啡的命名，据说来自当地生活的民族，mandailing，产区多指向多巴湖北部山地，具体产区待查证。
Lintong咖啡，产自北苏门答腊省、苏门答腊岛最大火山湖多巴湖Lake Toba周边山麓，名称来自多巴湖西南名为lintong的小镇。
Gayo mountain咖啡，产自亚齐省塔肯贡Takengon及塔瓦湖Lake Tawar周边山地。
棉兰Medan与巴东Padang是与咖啡涉及的重要城市，二者分别是北苏门答腊省、西苏门答腊省省府，也是苏门答腊岛人口最稠密的地区，前者为苏门答腊咖啡出口的重要集散地，后者则是周边亦有知名咖啡产出，如Ankola。
苏门答腊岛所产咖啡包括阿拉比卡和罗布斯塔，通常在山地的高海拔区域种植阿拉比卡，而低地则种植罗布斯塔。咖啡处理方式以传统的“湿刨法”著名，Giling Basah，wet-hulled，特殊的处理方式部分源自当地的潮湿气候。
3.苏拉威西岛Sulawesi Coffee
最著名的是托拉加，或托拿加，Toraja。
苏拉威西岛，旧时称西里伯斯岛“Celebes”，因而也称苏拉威西咖啡为西里伯斯咖啡Celebes Coffee。
Toraja咖啡产自南苏拉威西省 South Sulawesi 的塔纳托拉加地区Tana Toraja，根据当地的人群托拉加人命名。Tana Toraja大约位于省府望加锡 Makassar 北部约300公里，是印尼知名旅游地。
最初苏拉威西咖啡产业主要供应日本市场，日本商人在苏拉威西岛上建立了最初的咖啡产业。
传统的咖啡处理方式为湿刨，Giling Basah，wet-hulled。
此外，巴厘岛、弗洛勒斯岛、帝汶也是重要产区
