下面是最常用的包装方式：
麻袋是包装和运输生豆最常用也是最经济实惠的选择，黄麻是可再生资源，而且麻袋很便宜，使用起来也不需要超出一般磨坊和出口点能力的特殊技能或器械。但是，麻袋无法隔绝湿气与臭味，因此其转的咖啡豆在储藏和运输的过程中很容易受到损坏。
真空包装是生豆包装最好的方法，真空袋能使生豆隔绝湿气、臭气和氧气，并能大大的减慢呼吸过程，因此减慢咖啡豆的老化过程。在将生豆装进真空袋之前，要密切关注豆子的水分活性，避免在储藏期的生豆发霉。真空包装的成本将近每磅0.15-0.25美元（没公斤0.45-0.75欧元），并且需要特殊的机器以及技能，通常还会延误生豆的运输时间，因此这种方式还是无成本与风险的。
麻袋以及其它的密封袋能够使生豆隔绝湿气、臭气、相比真空袋也更便宜、更方便。粮袋对生豆的保护时间要比麻袋久的多，却是真空袋保护时间的一半。粮袋包装的成本是每磅0.05-0.10美元（0.15-0.30欧元每公斤），因此粮袋是那些注重质量的烘焙商的最实用也是最佳的选择。与真包装一样，在把生豆放进粮袋之前，要密切关注豆子的水分活性，避免其在储存期发霉或长微生物。
冷冻储藏—即将生豆装进真空袋，并放进低于0ºC（32ºF）的环境下保存，这种方法能使咖啡豆的风味保存几年。一些烘焙商会将大量的精品咖啡豆冷冻几年，并将其称为复古咖啡豆售卖，但是当前市场对这种豆子的需求还很小。冷存储法能将五年的生豆的风味保存的如一个月的生豆一样完好，这一点确实是很令人惊讶的，但是这种方式还是太贵，甚至有些人认为是浪费。然而，在一些高温地区，冷冻法还是一个很值得考虑的方式，因为大多数生豆在极热的环境放几天就会受到损坏。
无论烘焙商选择何种方式，都要采取行动，确保仓库在全年都能有一个稳定的存储环境。极热或极湿的环境，将生豆存放在离地面较高的地方，那里的温度可能比想象的高，或是将生豆存在与烘焙机过近的地方，这些情况都会使生豆的质量受影响。
应季性
近几年，一些烘焙商着重强调只提供“应季”的咖啡豆。正如咖啡业里的许多其它概念一样，对于应季性也没有一个一致认可的定义。有些人认为只有最近采摘的生豆才能算是应季的，其他人对于应季生豆的采摘时间定义的就没那么严格了。
在这里提供一个由专业生豆买家Ryan Brown提出的定义“我们关注应季性正是因为我们关注咖啡品质。只要这杯咖啡的味道鲜活，能过体现其酸度，并且没有任何‘老’的标志，那么豆子就可以称得上是应季的，就是这么简单。