90年代初，游击战争大大地破坏了该国的国民经济，使咖啡的产量从70年代初的350万袋下降到1990--1991年的250万袋。该国东部受游击战争影响最大，许多农夫和工人被迫离开庄园。资金短缺致使咖啡产量大跌，由过去的每公顷产量1200公斤下降到今天的每公顷产量不足900公斤。

此外，政府1986年对出口咖啡额外收取15%的关税，即在现存30%的税收之外再征收15%。税收连同不利的互兑率，使咖啡出口极度减少，质量也随之下降。

政府终于认识到咖啡在国民经济中的巨大作用，例如：解决就业、赚取外汇和发展农业生产等，因此在1990年把部分咖啡出口工业私有化，希望以此增加咖啡在出口市场中的所得率。

今天，这种咖啡占全国出口量的40%。质地最优的咖啡在1月到3月出口，35%的特硬豆出口德国
萨尔瓦多咖啡与墨西哥、瓜地马拉并列为阿萨、麦尔多集围的生产国，并且正与其他国家争取中美的前一、二名。产地高地者，为大小均称的大颗咖啡豆、香浓口感温和。与危地马拉和哥斯达黎加一样，萨尔瓦多的咖啡依据海拔高度进行等级划分，海拔越高，咖啡越好，依标高而分为三个等级：SHB（strictlyhighgrown）=高地，HEC（highgrowncentral）=中高地，CS（centralstandard）=低地；最好的品牌是匹普(Pipil)，这是阿兹特克——玛雅人(Aztec—Mayan)对咖啡的称呼，它已经得到了美国有机物证明学会(OrganicCertifiedlnstituteofAmerica)的认可