咖啡属于茜草科咖啡属的常绿灌木，以热带地区为中心，约有500属6000种茜草科植物分布于此。一直以来咖啡被认为具有某些药效，如健胃，醒脑，止血，散热，强身等。比较有名的茜草科植物还有栀子，它的果实很早以前就被晒干拿来作为药材。
咖啡的三大原生种
咖啡属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡种，罗布斯塔种，利比里亚种，这三种称为“咖啡三大原生种”。
1.阿拉比卡种（学名Coffea arabica）
阿拉比卡种的原产地是埃塞俄比亚的阿比西尼亚高原（即现在的埃塞俄比亚高原），初期主要作为药物食用（伊斯兰教的情侣们用来当作治疗身心的秘药或者用来醒脑），13世纪培养出烘焙饮用的习惯，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，进而成为全世界人们共同喜爱的饮料。
所有的咖啡中，阿拉比卡种的咖啡占75%-80%，它的绝佳风味与香气，使它成为这些原生种中唯一能够直接饮用的咖啡。但其对干燥，霜害，病虫害等的抵抗力较低，特别不耐咖啡的天敌——叶锈病，因而各生产国都在致力于品种改良。斯里兰卡就是一个例子。过去斯里兰卡曾是远近闻名的咖啡生产国，19世纪末却因为叶锈病的肆虐，咖啡庄园无一幸免。此后，斯里兰卡转而发展红茶产业，并与印度同列红茶王国。
阿拉比卡种咖啡豆主要产地为南美洲（阿根廷与巴西部分区域除外），中美洲、非洲（肯尼亚，埃塞俄比亚等地，主要是东非诸国）、亚洲（包括也门、印度、巴布亚新几内亚的部分区域）。
2.罗布斯塔种（学名Coffea robusta Linden）
在非洲刚果发现的耐叶锈病品种，教阿拉比卡种有更强的抗病力。人们都喜欢将罗布斯塔种与阿拉比卡种咖啡相提并论，事实上罗布斯塔种原是刚果种（学名Cofffea canephora）的突变品种，所以说，该拿来与阿拉比卡种相提并论的是刚果种。然而直至今日，罗布斯塔种的名称已为大众惯用，而把它与刚果种视为同一种类。
阿拉比卡种咖啡豆生长在热带较冷的高海拔地区，不适合阿拉比卡种咖啡生长的高温多湿地带就是罗布斯塔种咖啡生长的地方。罗布斯塔种具有独特的香味（称为“罗布味”的异味，有些人认为是霉臭味）与苦味，仅仅占混合咖啡的2%-3%，整杯咖啡就成了罗布斯塔味。它的风味就是如此鲜明强烈，若想直接品尝它恐怕得考虑一下。它一般被用于速溶咖啡（其萃取出的咖啡液大约是阿拉比卡种的2倍）、灌装咖啡、液体咖啡等工业生产咖啡上。咖啡因的含量3.2%左右，远高于阿拉比卡种的1.5%。
罗布斯塔种的主要生产国是印度尼西亚、越南以及科特迪瓦、阿尔及利亚、安哥拉为中心的西非诸国，近年来越南更致力于跻身主要咖啡生产国的行列，并将咖啡生产列入国家政策中（越南也生产部分阿拉比卡种咖啡）。
3.利比里亚种（学名Coffea liberica）
西部非洲为利比里亚种咖啡的原产地，对于不论是高温或低温、潮湿或干燥等各种环境，皆有很强的适应能力，唯独不耐叶锈病，风味又较阿拉比卡种差，故仅在西非部分国家（利比亚、科特迪瓦等）国内交易买卖，或者栽种来供研究使用。
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