收成果实后到出货上市前要先去除外皮、果肉、内果皮及银皮。其方法有干燥式(亦称天然法或非水洗式)与水洗式两种。

　　干燥式方法较为单纯。首先，将刚采下的果实广布在曝晒场上一两个星期，直到果实发出霹啪的声音为止，自然干燥。之后，以脱壳机将干掉了的果肉、内果皮和银皮去除。 以这种方式精制而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。几乎所有巴西产的咖啡豆、衣索比亚、叶门等地之咖啡豆都是以这种方法取得的。这种方法的缺点是容易受天候的影响，以及易掺入瘕疵豆和其它杂质。 因此，必须细心地加以师选才行。

　　另一种方式则是水洗式，即将收成的果实放入流动的水槽，除去浮在水面的果实之后，以果肉去除机剥除外皮和果肉。再放入水槽，将浮出的果肉去除。之后，移入发酵槽，浸泡半天至一天，再将发酵的咖啡豆表面上的胶质溶掉。再以水洗过后，晒干数日后以机器干燥之，最后用脱壳机将内果皮去除，即成为可作为商品的生咖啡豆。

　　水洗式的咖啡豆较以干燥式而得的咖啡豆，色泽较美，且杂质也较少。哥伦比亚、墨西哥、瓜他马拉等国产量的70%左右都采此一方法。 有时在发酵过程中，若处理不当将可能发出发酵臭及其特有的酸味;但处理得当的话，各种豆都能够散发出其独有的咖啡香来。 为了能够完整地送到目的地，生咖啡豆被装入麻袋中放在特殊的货柜里，展开遥远的商船旅行。