咖啡属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有，阿拉比卡、罗布斯塔、利比里亚种这三种称为“咖啡三大原生种” 阿拉比卡种：阿拉比卡种的原产地是埃塞俄比亚高原。在所有咖啡种当中阿拉比卡种的咖啡占75%--80%，他的绝佳风味与香气，使它成为这些原生种种唯一能够直接饮用的咖啡。不过它对于干燥、霜害病虫害等抵抗力过低，特别不耐咖啡的天敌---叶锈病。 罗布斯塔种：在非洲刚果发现的耐叶锈病的品种，罗布斯塔种具有独特的香味(称为“罗布味”的异味，有些人认为是霜臭味)与苦味。它一般被用于速溶咖啡，(其萃取出的咖啡液大约是阿拉比卡种的2倍)灌装咖啡液体咖啡等工业生产咖啡上，咖啡因含量为3.2%左右高于阿拉比卡的1.5% 利比里亚种：西部非洲为利比里亚种咖啡的原产地，对于不论是高温或者低温，潮湿或者干燥等各种环境，皆有很强的适应能力，唯独不耐叶锈病，风味又较阿拉比卡差，故仅在西非部分国家国内交易买卖或者栽种供研究使用。