在世界上许多地方，种植者使用杀虫剂控制咖啡害虫生长，往往高海拔地区潮湿、多雾咖啡更易受菌类侵害，故种植者常用杀虫剂处理。 许多人认为咖啡生长期间只要未使用合成杀虫剂、除草剂和化学肥料就可以称为有机咖啡，实际上，只有在第三方(除咖啡制造者和采购商外)认证完毕的情况下才能称为有机咖啡。

　　Organic Coffee 有机咖啡，及授权有机咖啡Certified Organic Coffee 是被第三方机构授权，是咖啡树生长过程中，无化学原料不用农药、杀虫剂、除草剂及人工食物添加剂种植的;从土壤水质检测、种植、培育、采收、生产都必须符合有机的条件、过程严格控管，是与大自然和谐共存下生产出来的高品质咖啡，对健康及环保都有很大的益处。

　　世界上只有很少部分的咖啡是真正意义上的有机认证咖啡，因为这个认证过程耗时相当长，大约三年时间。并且此种交易会造成咖啡产量下降多大50%。所以说，当咖啡种植者决定进行有机认证的话，也就意味着一场耗时、耗财的投资开始了。

　　有机咖啡特点:

　　有机咖啡在栽培时并不使用任何的除虫剂，以及其他化学药剂来治疗病虫害或栽培问题， 而是使用天然的方法， 像是使用天然堆肥、筑篱、 修剪等方法来维护咖啡树之成长; 在控制虫害方面使用纯天然的生物控制方法、像是种植防护树，以及利用其他各种自然的农作技术来确保咖啡树的健康。 因为 土地、水源以及自然生态环境的永续性是有机咖啡业者所积极关注的。 有机高品质咖啡是天、地、人——天气、土壤、爱心的精华杰作，一棵咖啡树需要生长五年才能开花结果，一磅咖啡大约需要4000颗咖啡豆，完全以人工采收，而每一颗咖啡树每年所收获的咖啡果只够生产一磅烘焙好的咖啡豆，物以稀为贵。