商业上广泛采用的除因方式，咖啡因的处理法主要有两种：

EP，European Process，欧洲处理法；SWP，Swiss Water Process，瑞士水处理法。

EP：化学豆？

EP处理法，将咖啡生豆浸泡在水中，使用二氯甲烷（methylene chloride，一种有机溶剂）溶液吸收掉咖啡因，然后将生豆漂洗干净，干燥之后，进入烘焙程序。除因过程只会吸收咖啡因，而对咖啡豆中的其他成分不构成影响。一般认为，经过烘焙，EP法处理的咖啡豆不会有制剂残留。不过，人们情感上大约还是会介意，化学成分的参与。

SWP：蒸汽豆？

目前使用最多的方法是“瑞士水处理法”，即把咖啡豆先泡入温水，让生豆中的风味物质尽可能全部溶于水中，将这批生豆弃置不用，以活性碳过滤精华液的咖啡因，用萃取过咖啡因的浸泡液来浸泡同一批次的生豆，由于只有咖啡因成分残缺，生豆中的咖啡因会自发自动的溶入浸泡液中，因此咖啡生豆原本应有的风味就不会受到太多减损。

瑞士水处理法操作简单，最大的优点是，除因过程中没有任何化学制剂的参与，所使用的只是热水和蒸汽，在处理的整个过程中几乎不产生污染，是现在商业应用最多的一种处理方法，但这种处理法成本很高，一般被用于提取浸泡液的生豆不能再应用于生产，这是低因咖啡价格贵的原因之一。

SWP的最大优点是全程没有化学溶剂参与，缺点是，水吸收咖啡因的同时也溶解了咖啡生豆的其他成分，包括一些天然咖啡油脂，有些油脂不能被生豆重新吸收。SWP处理的生豆会损失部分风味。

脱因咖啡的处理过程会产生不平衡的味道，有时会使豆子的味道变得很平淡，在购买无咖啡因咖啡时，应避免购买散装或磨碎的咖啡，建议直接从当地的烘焙商处购买。