萨尔瓦多阿瓦查潘咖啡来自历史悠久的土地。位于萨尔瓦多西部的阿瓦查潘（Ahuachapán），由玛雅部落于5世纪建立。在1770年代后期咖啡豆被引入萨尔瓦多。传说18世纪后期在阿瓦查潘被两个农民在田地里发现了第一批咖啡，这批咖啡种植在阿帕内卡山脉。这里的咖啡充满了原生植物和火山土壤的倒影。

萨尔瓦多阿瓦查潘咖啡采用水洗处理法，水资源主要是使用庄园附近的温泉水源，是世界上非常少见的方式。