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由加利福尼亚大学戴维斯分校领导的国际研究小组的遗传学家公开发布了阿拉比卡咖啡(Coffea arabica)的第一个公共基因组序列。
2014年，由法国发展研究所的Philippe Lashermes博士领导的研究人员生成了罗布斯塔咖啡的高质量草案基因组，科学上称为Coffea canephora(syn.Coffea robusta)。然而，对于更高价值和更具遗传性复杂的小粒咖啡(Coffea arabica)，没有可公开获得的基因组序列。
“阿拉比卡咖啡的新基因组序列包含对于开发高质量，抗病的咖啡品种至关重要的信息，这些品种可以适应气候变化，预计将在未来三十年内威胁到全球咖啡生产，”共同作者博士解释说。 Juan Medrano，来自加州大学戴维斯分校。
“我们希望Coffea arabica序列最终将使每个参与咖啡的人受益 - 咖啡种植者，他们的生计受到咖啡叶锈病等破坏性疾病的威胁，咖啡加工商和世界各地的消费者。”
具体而言，基因组是从称为艺伎的非凡品种中测序的。
“Geisha品种起源于埃塞俄比亚西部Maji和Goldija山脉，靠近艺妓镇，是一种以其独特的芳香品质而闻名的选择，”研究人员解释道。
“咖啡传统上是在酸性土壤，温暖的温度和高湿度的非常特定的生长条件下，在赤道纬度低于25度的世界范围内种植的，”他们说。
“在过去的6年里，艺伎在加利福尼亚州圣塔芭芭拉附近成功种植，北纬19度，位于任何其他种植园以北。”
Medrano博士及其同事从23种艺妓咖啡树的不同组织和发育阶段收集了遗传物质 - DNA和RNA样本。他们说：“我们对这一品种的DNA和转录组进行了取样和测序。”
“收集来自不同组织和发育阶段的RNA样本并测序以结合ab initio方法增强基因模型预测。”
该团队估计，艺伎的基因组由11.9亿个碱基对组成 - 约为人类基因组的三分之一。该研究结合了基因组测序和基因组装配的最新技术，揭示了估计有70,830个预测基因。
展望未来，作者将专注于识别与咖啡质量相关的基因和分子途径，希望这些能够更好地理解艺妓咖啡的风味特征。该序列的详细信息于2017年1月15日在加利福尼亚州圣地亚哥的PAG(植物和动物基因组)XXV会议上公布。
