在所有咖啡的产量中，阿拉比卡种咖啡占据了70%-80%，它绝佳的风味和香气使其成为所有咖啡原生种中唯一能够直接饮用的咖啡。但是它对于干燥、霜害、病虫害等的抵抗力过低，特别不耐咖啡的天敌--叶锈病，因而各产地国都在致力于品种的改良。
阿拉比卡种(Coffea arabica)的原产地是埃塞俄比亚的阿比西尼亚高原（Abyssinia，现称埃塞俄比亚高原），初期主要作为药物食用（伊斯兰教的僧侣们用来当作治疗身心的秘药或者用来醒脑），13世纪培养出烘培饮用的习惯，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，进而成为全世界人们共同喜爱的饮料。
原生种
原来世界上的商品咖啡都是小粒咖啡，只是到了19世纪末因为叶锈病的肆虐导致大量咖啡庄园的倒闭，种植者才开始寻找其他抗病的品种。
小粒咖啡仍然是最主要的咖啡品种，约占世界咖啡总产量的3/4。主要在拉丁美洲各国种植，也有部分在印度尼西亚和太平洋岛屿种植。世界最大的咖啡产地巴西的地理气候条件非常适合小粒咖啡的生长，种植的主要咖啡品种也是小粒咖啡，巴西的咖啡产量占世界总产量的1/3以上。
小粒咖啡的果实比中粒咖啡和大粒咖啡要小，浆果椭圆型，一般内有两粒种子，即所谓的“咖啡豆”。
亚种
小粒种咖啡阿拉比卡种（Coffea arabica）系列中三个出现较早的亚种是：蓝山亚种（varietal BlueMountain），铁比卡亚种（varietal Typica）以及波旁种（varietal Bourbon）。
牙买加蓝山是品质极佳的咖啡；铁毕卡咖啡原产于埃塞俄比亚及苏丹的东南部，是西半球栽培最广的咖啡变种；在夏威夷产量较高的夏威夷可那（Kona）和蓝山咖啡在质量上不相上下，在价格上也只有1~3美金的差距。
波旁种是十八世纪由法国移民从波邦岛（Island of Bourbon，今天的法属留尼旺岛Island of Reunion，位于马达加斯加岛东边的印度洋中）传入美洲，如今在巴西等西半球产地广泛种植，在中国云南也有少量种植。波邦亚种的咖啡因含量比铁毕卡亚种高20%~30%，但是要少于绝大多数咖啡亚种。主枝最初和主干呈45度向上生长，随果实负荷下垂。侧枝节部较密、结果多、产量较高，但浆果较小，成熟较快，因此不耐强风及大雨。波邦咖啡是小粒咖啡中仅次于铁毕卡的变种，结果多，产量较高，但浆果较小，成熟较慢。中国云南种植的小粒咖啡主要是铁毕卡亚种和波邦亚种，从咖啡的植物学角度来讲，云南小粒咖啡和公认最优秀的牙买加蓝山(Jamaica Blue Mountain)、夏威夷可那(Kona)有基因上的相近性。
