咖啡收成果实后到出货上市前要先去除外皮、果肉、赛果皮及银皮。其方法有干燥式(也称天然法或非水洗式)与水洗式两种。 干燥式： 方法较为单纯。首先将刚采下的果实广布在晒场上一两个星期，直到果实发出霹啪的声音为止，自然干燥之。之后，以脱壳机将干掉了的果肉、内果皮和银皮去除。 以这种方式精制而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。几乎所有巴西产的咖啡豆、埃塞俄比亚、也门等地之咖啡豆都豆以这种方法取得的。这种方法的缺点是容易受天气的影响，以及易掺入瑕疵豆和其它杂质。因此，必须细心地加以筛选才行。 水洗式： 即将收成的果实放入流动的水槽，除去浮在水面的果实之后，以果肉去除机剥除外皮和果肉。再放入水槽，将浮出的果肉去除。之后，移入发酵槽，浸泡半天至一天，再将发酵的咖啡豆表面上的胶质溶掉。 再以水洗过后，晒干数日后以机器干燥之，最后用脱壳机将内果皮去除，即成为可作为商品的生咖啡豆。用这种方式，会比干燥式的咖啡豆色泽较美，且杂质也较少。哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等国70%左右的产量都采用此方法。

怎么辨别咖啡豆的好坏?

　　发酵豆 采收前掉落土中发酵的咖啡豆。发霉的异味，会对咖啡美味造成莫大的影响。

　　死豆 又称未熟豆，或受气侯因赤的影响，发育不健全。煎焙后会产生煎斑，使咖啡有股青涩味。

　　黑豆 发酵豆，已腐败、变黑的咖啡豆。因为是黑色，一眼即可与正常的咖啡豆区分出来。

　　蛀虫豆 受虫侵害的咖啡豆。 残缺豆 可能是作业时卡到，或是搬运中处理不慎，造成咖啡豆的残缺。会造成煎焙时有煎斑，且会产生苦味及涩味。

　　其它 残留薄皮的豆、发育不良的豆、干燥不完全产生霉味的豆、只有外壳的(贝壳豆