为了获得更多收入，咖啡种植者一直在致力于生产更高质量的产品。但是要得到高质量的咖啡豆就意味着需要更好了解生物过程——开花，成熟等——这些决定了产品的最终品质。

很多化合物(糖、脂肪、咖啡因等)决定了咖啡质量。它们在咖啡豆中的含量是决定性因素。其中蔗糖在咖啡的感官品质方面起着最重要作用，因为蔗糖在烘焙过程中的分解会产生多种芳香及其它味觉。

从2001年开始，CIRAD以及巴西的IAPAR开始联合研究咖啡豆的成熟过程。他们发现了一种蔗糖代谢的决定性酶，在巴西Campinas大学支持下，科学家用分子生物学和生物化学技术进行了研究。结果显示，这种蔗糖合成酶决定了咖啡豆中蔗糖的沉积。蔗糖合成酶有至少两种存在形式，分别由两种不同基因编译得到：SUS1和SUS2。

科学家分析了成长中咖啡豆的多种组织中这些基因的表达。结果显示，SUS2决定了在成熟过程中的蔗糖沉积。而SUS2则和蔗糖分解以及能量产生相关。研究的另一部分则是基因的多样性，这能解释不同的咖啡种类之间为什么会存在差异。这有利于确认蔗糖的含量，最终影响咖啡的品质。

以上研究结果目前已经得到了应用。科学家发现，生长在阴影中的咖啡的蔗糖合成酶及蔗糖磷酸盐合成酶活性更高。而这些咖啡的最终品质还可能和其它因素有关，例如脂类物质等。