咖啡的酸度通常被认为与咖啡质量有关。酸度是典型中美洲和东非洲高价值咖啡的特性。过度酸味被认为是咖啡的缺点。酸度与种植在很高海拔和富含矿物质火山土有关。

　　水洗豆的酸度比日晒(自然干燥)豆的酸度高。像日晒豆的浓度比水洗豆重，由于浓度遮蔽过咖啡的酸度。咖啡饮料的酸物质与烘焙程度，以及烘焙法和冲泡方式关系很大。咖啡的pH也与咖啡的酸度有关。一杯好咖啡的pH值最好在4.9到5.2之间。

　　咖啡生豆和烘焙豆中含有100多种酸物质。氯原酸和奎宁酸是生豆中的主要酸物质，其次是苹果酸和柠蒙酸。烘焙中氯原酸复合物被降解成更小成分，形成像醋酸和甲酸等成分。由于这些成分挥发性很高，在随后的烘焙阶段即已消逝。

　　氯原酸

　　氯原酸实际上是介于奎宁酸和酚类像肉桂酸的酯族成分。咖啡中最多的是咖啡奎宁酸(5-O-caffeoylquinic acid)，介于奎宁酸和咖啡酸之间的一种酯质。Robusta生豆已经发现超过17种不同的氯原酸，但是氯原酸的量似乎因产地、和咖啡品种而有不同。

　　咖啡酸

　　咖啡提供最丰富氯原酸饮食来源。根据报告，一杯200cc咖啡含有70-350 mg氯原酸，将供应35-175 mg咖啡酸。咖啡中的氯原酸具有维护健康功效。虽然氯原酸和咖啡酸在试管内具有抗氧化作用，到底有多少抗氧化力则还未知，因为之在体内广泛被代谢，而其代谢物经常比先躯物质具有更低抗氧化力。

　　咖啡酸是不只存在于咖啡，同时存在大量可食性和不可食性植物中。具有抗氧化剂。另方面，目前的研究显示咖啡酸可能也是致癌物质。咖啡酸的健康功效还未知。