海拔的高度越高，咖啡豆的质量也就越好，同时，海拔高也是评定标准之一。那咖啡的酸度呢?深烘焙的咖啡豆的酸度比浅烘焙的咖啡豆的酸度要低，比如：巴西咖啡的酸度就比耶加雪菲咖啡的低。

冷萃咖啡对于那些对咖啡敏感的人来说往往效果很好，因为在数小时的过程中咖啡渣的提取温度较低。提取咖啡中的一些酸性化合物需要更高的温度，而冷冲泡时不会发现这些更高的温度。从广义上讲，较深的烘焙也最适合冷酿，这会进一步降低酸度。

然而在低海拔地区种植的咖啡在生长过程中倾向于产生较少的酸，因此是酸度最低的咖啡。干（也称为“自然”）加工也往往会导致咖啡酸度较低。

除了根据原产地选择低酸咖啡（即使在一个国家内也有差异），烘焙可以在降低咖啡酸度方面发挥作用。通常来自咖啡中的有机酸，烘烤时间越长会烧掉更多的酸，将它们从咖啡豆中去除，因此冲泡后的饮料也会被去除。

较深的烘焙通常比浅烘焙具有更低的酸度，因为有机酸在烘焙过程中会被烧掉。

咖啡中与胃部不适相关的两种主要有机化学物质是 N-烷醇-5-羟色胺和儿茶酚。另一方面，一些化合物，如 N-甲基吡啶鎓 (NMP) 已被证明有助于缓解胃部不适——在较深的烘焙中发现的 NMP 含量高于较浅的烘焙。