接下来是手选步骤。为了提高手选效率，必须使用一些道具，其中必备的是手选用的托盘。托盘要准备两种，一种是生豆专用的无光泽黑色托盘，一种是烘焙豆专用、贴有无光泽褐色棉纸的托盘。遇上有大量豆子要手选的情况，这样的托盘能让眼睛不疲劳。

　　下面来介绍挑选瑕疵豆的步骤如下：

　　1、取适量的咖啡生豆放入托盘中。重点是适量，过多过少都不好。将咖啡生豆摊放在托盘上，用双手食指与中指将托盘上的生豆均分成五等分。少量地进行手选，较不易遗漏瑕疵豆，也比较容易集中注意力。

　　2、将咖啡生豆挑选至无瑕疵豆为止。

　　3、不是只盯着有豆的一面看，而是要拿起来看看它的颜色与形状。不放过任何一颗，目光由右边向左边移动。

　　4、不断重复同样的步骤。

　　5、得知挑出咖啡瑕疵豆的平均值。

　　一个托盘中若挑出五到六颗瑕疵豆，以此为平均值，进行下一个托盘的手选。

　　挑选咖啡瑕疵豆的顺序为“颜色-->光泽-->形状”。

　　1、颜色不同的豆子。弄清楚颜色挑选的基准为何，接着将相同颜色的咖啡豆摆在一起。

　　2、光泽不同的豆子。可以根据咖啡豆的光泽挑选，挑除死豆与未熟豆。

　　3、形状不同的豆子。贝壳豆等对味道的影响较轻微，所以放在最后处理。

　　手选顺序1到3渐渐熟悉之后，就能进行整体的判断。如此一来，挑选瑕疵豆的速度就能提升，长时间作业下来也不会疲倦。最重要的是两只手一起进行。习惯用手的挑选速度会比较快，但也容易累而无法支撑长时间的瑕疵豆的挑选工作，所以建议双手一起挑选。