每一杯黑色浓醇的咖啡，都来自于咖啡豆研磨萃取，咖啡豆本身的品质，影响入口的风味。台湾的咖啡豆有95%都来自于海外，根据卫福部食药署2014年食品边境查验年报手册，台湾自国外
咖啡豆进口数量为3.2万公吨，与2006年相比，成长二倍以上。但官方数据统计更新较慢，台湾咖啡协会理事长吴怡玲指出，
咖啡豆进口数量年增率几乎超过30％，粗估近十年来，台湾
咖啡豆进口数量至少成长2.7倍。
台湾
咖啡豆进口来源多达73国，报验批数前5大国分别是日本、美国、越南、印尼、马来西亚。由于来源相当多元，为了做好基本食品安全把关，食药署在海关进行边境查验时，农药残留与赭曲毒素是咖啡豆的抽验项目。
赭曲毒素（Ochratoxin A）是由青霉菌与曲菌所分泌的二级代谢产物，具肾脏毒性、免疫抑制性、致癌性等，属2B类致癌物。赭曲毒素霉菌普遍存在于大自然中，其中以黄豆、花生、玉米、咖啡豆等农产品如果保存不当，在高温多湿的环境下就容易受到赭曲毒素的污染，赭曲毒素若是长级积累在人体内，可能造成肾、肝等病变。 因此如果有经常大量饮用咖啡的人，需特别留意。
不过从咖啡豆加工制程来看，咖啡果实经过加工至生豆含水量仅剩12％，而烘焙过后的熟豆，含水率更是在5%以下，在干燥状态下存放，不易发霉。不过，咖啡豆若在海运过程受潮或是存放不当，仍会有产生赭曲毒素的风险。吴怡玲就曾在七八Ｏ年代时，看过海运途中受潮，导致大量咖啡豆变质，仍能通关销售的情况。不过这样的问题在咖啡协会与业者的积极宣导下，已不复见。
国内的大型咖啡进口商，都有咖啡仓储空间，以吴怡玲任职的金车咖啡为例，存放大量生豆的仓库里至少有三层楼高，目的就是保持空气流通，如果遇到多雨季节则有专人负责维持仓储湿度，维持咖啡豆存放品质。而有鉴于消费者对于咖啡豆品质的要求愈来愈高，金车咖啡则正在兴建具有冷藏空调设备的咖啡仓储，让咖啡住进冷气房，让品质风味维持最佳状态。
至于，咖啡豆是否有农药残留的问题，吴怡玲走访世界各大咖啡生产国发现，多数为贫穷落后的国家，农民施用农药不符经济效益，而且咖啡果实经加工处理后，残留农药的机率极低。而食药署历年的咖啡抽验结果，不合格率极低。
不过，也有咖啡业者透露，咖啡边境查验是“抽样”，并非逐批检验，运气不好仍有可能喝到瑕疵豆。因此许多业者购买生豆后，会在烘焙之前，再进行人工筛选，确保豆子品质。甚至有些人会认为，没有经过人工筛选的大宗商业用咖啡豆，掺混瑕疵豆机率高，品质相对较差。
吴怡玲认为“要经过人工挑豆才是好咖啡”的观念并不适用于一般大众，一般而言，会需要人工挑豆的咖啡，通常是品尝少量生产的精品咖啡，以及参与咖啡竞赛时用来杯测的咖啡。一般咖啡豆到加工后，都会依照产地、生厂高度、颗粒大小以及样品中的不完善数量（包含碎豆、卵石或树枝等）进行“分级”（grading）。
而且现在咖啡豆自动化筛选，已从利用红外线辨识，进步到色选机，生豆进入导槽后，色选机会依照设定，将不符颜色设定的缺陷豆从豆流中吹出，经过色选的豆子，也还会经过输送带再进行人工筛选挑出明显的瑕疵豆。因此在选豆子时，厂商只需确认样品豆是否符合分级，因为经过分级的豆子自然有相对应的品质，在后续烘焙饮用时，无须过度担心。
