巴厘岛的佛教不断地向周围的爪哇地区输送，同时爪哇的满者伯夷（Madjapahit）王国的伊斯兰教也在影响着巴厘岛居民。两个宗教派别在一段时期内相互共存，后来因躲避穆斯林胜利者，数千名印度牧师、贵族、士兵和艺术家和工匠从周围的爪哇群岛来到巴厘岛。使得巴厘岛的印度宗教势力不断发展和壮大并成为岛上的主要宗教派别

　　

　　以后西方人发现了这个岛屿，1585年，一艘葡萄牙轮船在武吉（Bukit）海岸搁浅，大多数的船员被海水淹死，仅有几名幸存者。幸存者们得到了很好的款待。后来又有3个荷兰航海者登陆巴厘岛探险。回去的时候只有1个人，其余2人被岛上的美丽风情吸引，留了下来。然而此时巴厘对西方世界而言依然是一个陌生的地方。19世纪荷兰人决定征服巴厘。信奉印度教的巴厘信徒基本上是和平主义者。抗争失败后，他们做了悲剧性的选择：1906年面对枪炮，巴厘人大规模自杀以抗拒荷兰人的统治。十九世纪，荷兰人取得整个巴厘岛的统治权。但他们保持了巴厘岛文化特色不变。

　　

　　此后法国和英国也对巴厘岛发生了兴趣，但他们没有像荷兰那样在那里站稳脚跟。此后反对皇室的内战发生，这一段时期是巴厘岛历史上最混乱的的一页。

　　

　　1949年印尼独立。苏哈托政权稳固之后，巴厘岛重新恢复活力，成为印尼政府外汇收入的重要来源。印尼的旅游外汇收入有将近一半来自巴厘，每年达20亿美元之多。尤其在东南亚金融风暴以后，外国投资基本停止进入印尼，巴厘岛的经济地位愈加重要。巴厘虽然与爪哇岛联系紧密，但大多时候，却是与爪哇并行独立发展。即使是在西方殖民时期，也基本保持一个比较超脱的地位根据文献记载，最早接触外部世界改变他们生活的是来自印度的商船和旅行者。他们带来了印度佛教和知识。因受其影响，巴厘岛居民大都信奉印度教，是印尼唯一信仰印度教的地方。但这里的印度教同印度本土上的印度教不大相同，是印度教的教义和巴厘岛风俗习惯的结合，称为巴厘印度教。