取出红色果子粘粘的豆荚后，移入大型水槽，接下来就是进行最重要的水洗发酵处理除去豆荚上的果胶屑。此一粘稠物不易用水冲除，需以水槽内各种细菌进行水解，将果胶分解成果胶酸，在不断搅拌磨蹭和冲刷槽内豆荚，加速果胶脱离豆荚。发酵过程约需16至36小时，视温度和湿度而定，此时槽内会自然产生苹果酸.柠檬酸.醋酸.乳酸和丙酸。有趣的是，生豆本身几乎不含醋酸，但水洗处理的发酵过程，却可增加豆子的醋酸浓度，有益咖啡风味。这些酸性物质不但可以抑制霉菌寄生，部分酸香精灵也会掺进豆里（这就是为何水洗豆果酸味较重的原因）但必须随时取样视豆荚上的粘稠果胶是否除干净，再决定是否停止发酵，取出干净豆荚。一旦超过 36--72小时，就可能发酵过度，产生太多脂肪酸和酪酸（butynic acid)而发出恶臭，而且豆子掺进过多的酸性物亦会使咖啡过于酸涩，渝为劣质豆!

 

.巴西式半日晒---自然脱除果胶:

     
巴西过去惯用日晒法，品质好坏差落很大，让巴西渝为中下品质的代名词。但这个全球最大的咖啡产国为了提升品质扭转形象，于90年代进行品质大革命，大力推管独步全球的半日晒法。

     

巴西咖啡田一望无际，多半用机械采收，以符合经济效益。当咖啡园75%的咖啡果子变红，既开始机械采收，接着进行水洗相同的前置作业，既移入水槽剔除浮豆，筛出沉豆，再以大型果肉筛除机，刨出果肉，取出沾满果胶的豆荚。接下来的阶段则与水洗法分道扬标：粘稠的豆荚不需移入水槽发酵，改而移到户外的晒豆场，由于巴西气候很干燥，约一天左右豆荚上的粘稠果胶会变硬。再动用大批的人力上下翻动，让豆荚里外均匀干燥，以免回潮发臭，约两至三天借助阳关与干燥气候的自然力，豆荚可达到一定的脱水度。接着再以烘干机进一步干燥，含水量降至10.5--12%，再将豆荚储存到特制的容器内约十天，进一步熟成，以求品质稳定，出口前再磨掉羊皮屑（既豆荚），取出咖啡豆，分级包装。