发霉豆：因为干燥不完全，或是在运输、保存过程中过于潮湿，而长出青色、白色的细菌，如果混入烘焙并研磨之后会使整杯咖啡产生霉臭味。

发酵豆：主要成因有两种，一是在水洗式发酵槽浸泡时间过程，被水污染而形成的，二是在仓库堆放时的湿气使其发酵，使豆子表面变得斑驳。从外表上不易区分出来，但是得特别注意，如果混入咖啡中，会产生腐臭味。

死豆：非正常结果的豆子。颜色不易因烘焙而改变，故容易分辨。

未成熟豆：在没成熟的时候摘下来，有腥膻味。缺乏成熟豆的光泽，初学时也不易分辨。

贝壳豆：干燥不良或交配异常而产生，豆子从中央线处破裂。容易产生烘焙不均。

虫蛀豆：在咖啡果实成熟变红时，虫子在里面下了个卵，咖啡果实作为幼虫成长的重要营养，豆子表面会留下虫蛀哼唧。会造成咖啡液浑浊产生有怪味。

黑豆：较早成熟，掉落在地面，长期与地面接触而发酵变黑。会产生腐败的味道且浑浊。

带壳豆：内果皮覆盖在咖啡豆果肉内侧，多残留在水洗式咖啡豆上。会造成涩味。

可可：自然干燥法使得果肉残留、未充分脱壳是它的成因。带有土腥味。

除了以上的各类瑕疵豆，还有石头、玻璃、树枝等等杂质，轻则造成烘焙机不能正常使用，重则报废。

如果想知道这些瑕疵豆是如何影响咖啡风味的，最好的办法就是喝一杯瑕疵豆制作成的咖啡，就能深刻体会烘焙前手工挑选的重要性。