水洗是所有取豆方式中技术最高的一种，经过多道筛巽手续，咖啡品质得以确保。先把沉入水槽的红色果子和半青半红的果子移入大型或中小型的果肉筛出机（PulpingMachines)。它的设计相当巧妙，机械力将果子压向一面筛孔，尺寸恰好是让豆荚（既是羊皮屑包裹的咖啡豆）通过，而把豆荚外的果肉筛滤出来---利用未熟果子较硬.豆荚不易挤出，而成熟果子较软，豆荚很容易就被挤出的特性，来挡掉未熟豆，并筛滤出甜度最佳的豆荚，因此机器推力大小的设定很重要，力道太大会把较硬且涩嘴的未熟豆挤出，有损精品豆的品质。一般推挤力设定在容许3%红色果子的豆荚无法挤入筛孔，确保生硬的青果子全数剔除。 

取出红色果子粘粘的豆荚后，移入大型水槽，接下来就是进行最重要的水洗发酵处理除去豆荚上的果胶屑。此一粘稠物不易用水冲除，需以水槽内各种细菌进行水解，将果胶分解成果胶酸，在不断搅拌磨蹭和冲刷槽内豆荚，加速果胶脱离豆荚。发酵过程约需16至36小时，视温度和湿度而定，此时槽内会自然产生苹果酸.柠檬酸.醋酸.乳酸和丙酸。有趣的是，生豆本身几乎不含醋酸，但水洗处理的发酵过程，却可增加豆子的醋酸浓度，有益咖啡风味。这些酸性物质不但可以抑制霉菌寄生，部分酸香精灵也会掺进豆里（这就是为何水洗豆果酸味较重的原因）但必须随时取样视豆荚上的粘稠果胶是否除干净，再决定是否停止发酵，取出干净豆荚。一旦超过36--72小时，就可能发酵过度，产生太多脂肪酸和酪酸（butynic acid)而发出恶臭，而且豆子掺进过多的酸性物亦会使咖啡过于酸涩，渝为劣质豆