咖啡属浅根作物,用种子繁殖的植株为圆锥根系.根系是指根的总称.根系的形态分布和深度阴品种/土壤条件及农业技术措施的不同而异.从品种来看,小粒种/中粒种的根较浅,大粒种的根较深.在正常情况下有一条粗而短的主根和许多发达的侧根,云南小粒种咖啡3~4年生结果树,主根深70厘米左右.在70厘米以外的主根往往变得细长而呈吸收根形态向下伸展.主根一般不分叉,但如因挖苗时受伤,在定植后从伤口愈合处向下长出一条至二条根代替断去的主根,从主根长出侧根,呈水平生长的称水平侧根,向下生长的的称垂直侧根,从侧根抽笺根分别称二级侧根,三级侧根.咖啡的根系有明显的层状结构, 一般每隔5厘米为一层,但大部人吸收根分布在0~30厘米土层内,尤其分布在15厘米以上的土层内较多,少部分分布在30~60厘米的土层内,60~90厘米的土层中只有少量的吸收根,在表土层的吸收根粗而洁白,在30厘米以外的黄而纤弱.咖啡根秒的水平分布幼龄期超出冠幅的15~20厘米,成龄期则在行间交错贯穿,覆盖或荫蔽的咖啡园表土层的根特别多.土壤裸露表层根容易受灼伤,进行深耕时根扎得较深,咖啡根系的再生能力较强,在受害或被切断后恢复很快,7天~10天内长好愈合组织,萌发许多新侧根,新侧根长出根行进行吸收作用,是最活跃的根系.

咖啡的茎直立,嫩茎略呈方形,绿色,木栓化后呈圆形,褐色.小料种咖啡茎节间长4~7厘米,有荫蔽的确良无荫蔽的节间长,过于荫蔽节间长达20~30厘米.每个节上生长一对叶片,叶腋有叠生芽,在上的称上芽,在下的称下芽.上芽发育成一分枝,下芽发育成直生枝.上节与顶芽同时萌动.每个上芽只抽生一次,而下芽可抽生多次.在主干顶芽受到抑制或主干弯曲时下芽便萌发成具有主干生长形态的直生枝,直生枝可培养成为主干.

咖啡主干的生长有明显的顶端优势现象.靠近主干顶部的枝条生长特别旺盛.但这种优势随主干的增高而减弱.其生长量随品种及自然气候特点而异.小粒种咖啡幼苗主干长出6~9对(中粒种8~12对)真叶时,便抽同第一对一分枝.定植当年,一般长出4~8对一分,第二年生长量逐渐加大,一般长7~12对,第三年可长14~15对,若管理良好,气候适宜,可高达18~20对,同时在树冠下部长出二分枝,开台形成树冠,并结少量果实,一般植后第三年是营养生长最旺/生长量最大的一年,必须加强管理,特别是水肥的供应,以形成健壮的树冠,第四年主干的生长减缓,节间变短,进入结果期(也有营养生长特别旺盛的,第二年大量抽分枝,第二或第三年进入结果期).若任主干自然生长,各类咖啡可按其生长力,继续长高.小粒种达4~6米,中粒种6~8米,大粒种可达10多米.收获困难,产量降低可,因此控制主干高度.小粒种采用单干整形/去顶,使其在植后3~4年中形在圆筒形树冠.

主干的生长具有季节性变化,旱季生长量较小,节间短,雨季生长量较大,节间较长;冬季生长量最小,节间最短,出现密节.因此,可以根据这一生长特点,了解在自然生长下植株的株龄情况.