有人尝试证明咖啡在医学上的正当性，也有人反其道而行之，把咖啡引为自己学说的注脚。17世纪初期，古希腊沿袭而来的四体液说依然在医学界具有主导地位，这种学说认为自然物质是由空气、水、火、土，配以热、干、湿、冷四种性质组成。推论到医学，认为人体与此相应也有相关的四种体液(黄胆汁、黑胆汁、血和粘液)，各种体液之间的均衡关系到人的健康和性格。医学界尝试把咖啡也纳入到这种液体体系里，但在对咖啡的作用原理不甚了解的情况下，这样做不仅缺乏科学性，实行起来也困难重重。有人说咖啡是凉性的，有人说咖啡性温，有人根据咖啡的加工过程(烘焙)认为它能够使血液粘稠，还有人说它能稀释胆汁，使人冷静。每种观点都有明显漏洞，彼此抓住别人的弱点指责，最后谁也不能说服谁，在医学上当然没有结论。渐渐地医学界就达成一种不成文的妥协：咖啡对身体有益，并且这种益处是全方位的，它能够治疗所有因体液失衡带来的疾病。这种妥协为咖啡的传播提供了正当性。一种精神性的饮料现在被医学界证明有益健康，并且它的口味确实不差，那么它的流行也就是必然的了。到了18世纪，这种误解依然没有结束，狄德罗相信咖啡对粘液质的人尤其有好处，尤其是肥胖者。他在《百科全书》里强调，瘦的人由于大多不是粘液体质，就没必要喝咖啡啦。

18世纪以后，咖啡的价格下降了不少，能够喝得起咖啡的人日渐增多。医学界认为咖啡能够治疗胃气胀、强肝益胆，普通人认识到了咖啡提神的益处，味觉上也渐渐适应了它的苦味，在早餐和闲暇时放弃啤酒，效仿贵族喝上了咖啡。但这个时候，人们对于咖啡的认识还远远谈不上完善，和这个时代涌入欧洲的大量来自殖民地和东方的新奇事物一样，人们对于这些非本地出产的、无法在日常经验中直接感知的东西，不是过分美化，就是怀有恐惧。许多医生认为咖啡几乎能够包治百病，而在咖啡可能带来的副作用上，怀疑也没有停止过。瑞典国王古斯塔夫三世(1746～1792)曾经一直想证明咖啡有毒，他找来两个死刑犯人，强迫他们每天分别喝咖啡和茶，并令宫廷医生观测记录。这两个犯人在喝了一段时间昂贵的饮料后，都获得了自由，令他们的狱友十分眼红。许多艺术家都是咖啡爱好者，这种恐惧后来成为他们的嘲弄对象。巴赫的《咖啡康塔塔》唱词俏皮，乐风欢快，讲一个市民家庭的女儿嗜好咖啡，父亲想尽办法禁止，终告徒劳。终曲的三重唱里唱道：“就像猫要抓老鼠，人人都要喝咖啡。”另一位不太著名的作曲家卡尔·戈特利伯·赫林写了一首《咖啡卡农》，分别以“C-a-f-f-e-e”的6个字母作为每段的调性，即C大调、a小调、f小调和e小调。他在乐谱开头还特别注明：“别喝那么多咖啡!”