4.挑选与分级：精致的农场会经由人工或机器来辨识瑕疵豆，将它挑出来丢掉。人工挑选法通常使用宽约1公尺的输送带，由坐在两旁的数位女工，以目视法挑掉不良的豆子;在一些优良的农场里，甚至经过好几次挑选，直到看不到瑕疵豆为止。机器挑选法则使用电脑辨识，剔除瑕疵豆。接着，是分级的程序，依照既定的标准将咖啡豆分为若干品质等级，好的咖啡进入精选咖啡市场，不好的咖啡则流入商业的咖啡市场。
水洗法是目前最流行的处理法，大多数的精品咖啡豆都会选择水洗法。水洗式咖啡精制过程：采收→蓄水槽（去除杂质以及未熟豆）→果肉去除机（去除果肉以及杂 质）→发酵槽（去除内果皮上附着的黏膜）→水洗池（选出质量轻和豆质硬的豆子）→日晒场（或者干燥机）→去壳机（去除内果皮)→分级（电子选豆机或者手 选、筛网等方式)→出口采用水洗加工的咖啡豆外观较为整齐，而且杂质和瑕疵豆较少，咖啡豆含水量一般在16%左右。优点是杂味较少，口感清澈，果酸味明亮；最大的缺点在于发酵过程中咖啡豆容易染上酸涩味，一颗发酵味的豆子会坏了50克的豆子半水洗法也被称为“蜜处理法”是干燥法和水洗式二者的折中，省去了水洗式的将咖啡果进行发酵的环节。采收→蓄水槽（去除杂质以及未熟豆）→果肉去除机（去 除果肉以及杂质）→水洗池（选出质量轻和豆质硬的豆子）→日晒场（或者干燥机）→去壳机（去除内果皮)→分级（电子选豆机或者手选、筛网等方式)→出口蜜处理法品质上比干燥式处理稳定但却没有水洗处理的好。这种通过蜜处理法加工咖啡豆的方法近来受到咖啡爱好者的追捧，口感甜美、Crema丰富，适合萃取 意式咖啡基底Espresso。优点是能够很好还原咖啡豆本身风味，咖啡香甜感更强烈，红酒味突出。缺点是咖啡浆果的外果皮去掉后干燥的过程中咖啡豆非常 容易遭受污染，并有可能发霉