1823年，玻利瓦尔应秘鲁爱国者的请求，经国会批准，率哥伦比亚军队进入秘鲁同西班牙西班牙殖民军作战。
1824年，哥伦比亚与秘鲁联军打败西班牙殖民军，秘鲁获得了独立。玻利瓦尔率军在秘鲁作战期间，桑坦德尔代行总统职务，主持哥伦比亚政务。桑坦德尔主张建立联邦制的政权，并联合地方势力反对玻利瓦尔团结统一的政治主张。哥伦比亚国会和政府内部的派别斗争日益尖锐。
1826年 4月，以派斯为首的委内瑞拉地方执政者及反对以桑坦德尔为首的新格拉纳达执政者，要求单独成立国家。经玻利瓦尔调解，分裂活动暂时被制止，但内部矛盾和派别斗争依然存在。
1828年5月8日哥伦比亚国民代表会议在奥卡尼亚召开。以玻利瓦尔为首的中央集权派同以桑坦德尔为代表的联邦派在会议上发生尖锐冲突。之后，各地方的分裂倾向愈益明显。
1829年11月，委内瑞拉发表声明，退出大哥伦比亚共和国。
1830年1月，玻利瓦尔在国会辞去总统职务，以期消除分歧，维护国家统一，但无济于事。5月31日，基多地区宣布退出哥伦比亚，成立厄瓜多尔共和国。12月17日，玻利瓦尔逝世，随后，哥伦比亚解体。1831年哥伦比亚及巴拿马地区改名为新格拉纳达共和国。
共和国
1832～1837年，F.de P.桑坦德尔任共和国第一届总统，实行考迪略独裁统治（见考迪略主义）。其后，保守党与自由党（见哥伦比亚保守党、哥伦比亚自由党）争权夺利，内战频繁，政局长期不稳。1849～1884年自由党执政期间（其中1857～1860年一度由保守党执政），实行了若干改革：废除奴隶制和政府专卖制；取消教士特权,没收教会财产;制定宪法,规定政教分离,宣布信仰、言论和出版自由。1856年哥伦比亚改名为格拉纳达邦联，1863年改称哥伦比亚合众国
哥伦比亚咖啡的品种主要为小粒咖啡。植物为小乔木或大灌木，高5-8米，基部通常多分枝；老枝灰白色，节膨大，幼枝无毛，压扁形。叶薄革质，卵状披针形或披针形，长6-14厘米，宽3.5-5厘米，顶端长渐尖，渐尖部分长10-15毫米，基部楔形或微钝，罕有圆形，全缘或呈浅波形，两面无毛，下面脉腋内有或无小窝孔；中脉在叶片两面均凸起，侧脉每边7-13条；叶柄长8-15毫米；托叶阔三角形，生于幼枝上部的顶端锥状长尖或芒尖，生于老枝上的顶端常为突尖，长3-6毫米。聚伞花序数个簇生于叶腋内，每个花序有花2-5朵，无总花梗或具极短总花梗；花芳香，有长0.5-1毫米的花梗；苞片基部多少合生，二型，其中2枚阔三角形，长和宽近相等，另2枚披针形，长为宽的2倍，叶形；萼管管形，长2.5-3毫米，萼檐截平或具5小齿；花冠白色，长度因品种而异，一般长10-18毫米，顶部常5裂，罕有4或6裂，裂片常长于花冠管，顶端常钝；花药伸出冠管外，长6-8毫米；花柱长12-14毫米，柱头2裂，长3-4毫米。浆果成熟时阔椭圆形，红色，长12-16毫米，直径10-12毫米，外果皮硬膜质，中果皮肉质，有甜味；种子背面凸起，腹面平坦，有纵槽，长8-10毫米，直径5-7毫米。花期3-4月哥伦比亚适宜的气候为咖啡提供了一个真正意义上的“天然牧场”。哥伦比亚的咖啡树主要栽培在安第斯山区，海拔一千三百米上下的陡坡上，那里终年气温大约为摄氏十八度，年降雨量为2000至3000毫米，北纬1 °-11 ° 15 ，西经72 ° -78 °，海拔具体范围是可以超越2.000米。由各种因素的特殊组合，哥伦比亚的咖啡种植区的纬度、海拔高度、土壤、物种的植物起源和制作咖啡的品种，在咖啡种植区域的气候和热带辐合的双路径产生的雨模式，在一天之内不断变化的地形、光度，全年有利的温度范围，适量和雨水的分布，以及包括选择性采伐和改造的过程中一些常见的文化实践区，其包括洗涤和干燥。非常适宜于咖啡的生长，气候温和，空气潮湿，并且可以不分季节地收获。这就是哥伦比亚咖啡质量上乘的原因。哥伦比亚有三条科迪耶拉山脉南北向纵贯，正好伸向安第斯山。沿着这些山脉的高地种植着咖啡。山阶提供了多样性气候，这里整年都是收获季节，在不同时期不同种类的咖啡相继成熟。而且幸运的是，哥伦比亚不像巴西，它不必担心霜害。哥伦比亚大约有案可查27亿株咖啡树，其中66%以现代化栽种方式种植在种植园内，其余的种植在传统经营的小农场内
