进行挑选瑕疵豆之前，为了使豆子大小均匀，生豆需要先过筛。可使用三种不同尺寸的特别定制筛网，也可采用一般园艺店卖的金属筛网，但尺寸上要注意。过筛的目的是为了分开豆子尺寸并去除掉杂质。

接下来是手选步骤。为了提高手选效率，必须使用一些道具，其中必备的是手选用的托盘。托盘要准备两种，一种是生豆专用的无光泽黑色托盘，一种是烘焙豆专用、贴有无光泽褐色棉纸的托盘。遇上有大量豆子要手选的情况，这样的托盘能让眼睛不疲劳。

下面来介绍挑选瑕疵豆的步骤如下：

1、取适量的咖啡生豆放入托盘中。重点是适量，过多过少都不好。将咖啡生豆摊放在托盘上，用双手食指与中指将托盘上的生豆均分成五等分。少量地进行手选，较不易遗漏瑕疵豆，也比较容易集中注意力。

2、将咖啡生豆挑选至无瑕疵豆为止。

3、不是只盯着有豆的一面看，而是要拿起来看看它的颜色与形状。不放过任何一颗，目光由右边向左边移动。

4、不断重复同样的步骤。

5、得知挑出咖啡瑕疵豆的平均值。

一个托盘中若挑出五到六颗瑕疵豆，以此为平均值，进行下一个托盘的手选。

挑选咖啡瑕疵豆的顺序为“颜色–>光泽–>形状”。

1、颜色不同的豆子。弄清楚颜色挑选的基准为何，接着将相同颜色的咖啡豆摆在一起。

2、光泽不同的豆子。可以根据咖啡豆的光泽挑选，挑除死豆与未熟豆。

3、形状不同的豆子。贝壳豆等对味道的影响较轻微，所以放在最后处理。

手选顺序1到3渐渐熟悉之后，就能进行整体的判断。如此一来，挑选瑕疵豆的速度就能提升，长时间作业下来也不会疲倦。最重要的是两只手一起进行。习惯用手的挑选速度会比较快，但也容易累而无法支撑长时间的瑕疵豆的挑选工作，所以建议双手一起挑选。

十大瑕疵豆类型：

一、带壳豆

咖啡内果皮覆盖在咖啡豆果肉内侧，多残留在水洗法处理的咖啡豆上，烘焙时的透热性差，有时还会着火燃烧，是造成咖啡涩味的原因。

二、石头

采收的豆子因为使用自然干燥法，容易混入石头或木屑等。

三、发霉豆

因为干燥不完全，或是在运输、保管过程中过于潮湿，而长出青色、白色的霉菌，有时会使豆子粘在一起，若不去除这些发霉豆，会产生霉臭味。

四、发酵豆

主要分两大类：一种是在水洗法处理咖啡时在发酵槽浸泡时间过长，被水洗咖啡豆的水污染而形成;另一种是堆放在仓库的关系，因而附着细菌，豆子表面变得斑驳。发酵豆外表不易分辨出来，因而手选时应特别注意。发酵豆如果混入咖啡中会产生腐臭味。

五、死豆

非正常结果的豆子。颜色不易因烘焙而改变，故容易分辨出来。味道平淡，与银皮同样有害无益，会成为异味的来源。

六、未熟豆

在其成熟前就被采摘下的豆子，有腥膻、令人做呕的味道。将咖啡豆放置数年就是为了对付这些未成熟豆而采取的对策。

七、贝壳豆

干燥不良或者杂交异常而产生;豆子从中央线处破裂，内侧像贝壳般翻出。贝壳豆会造成烘焙不均，进行深度烘焙时容易着火。

八、虫蛀豆

蛾在咖啡果实成熟变红之际侵入产卵，幼虫啃食咖啡果实成长，豆子表面会留下虫蛀痕迹。虫蛀豆会造成咖啡液混浊，有时会产生怪味。

九、黑豆

较早成熟掉落地位，长期与地面接触而发酵变黑的豆子。可轻易通过手选步骤挑除。混入黑豆煮出来的咖啡会产生腐臭味且浑浊。

十、可可

自然干燥法使得果肉残留、未充分脱壳是它形成的原因。带有碘、土等味道，会发生类似氨的臭味。“可可”是葡萄牙语“粪”的意思。