印尼咖啡的繁荣的未能持续，18世纪末咖啡生产受到致命打击，最初发现于西爪哇的叶锈病迅速蔓延，摧毁了印尼的阿拉比卡咖啡庄园。咖啡贸易的首领地位被美洲产国取代。不过，值得一提到是，这场叶锈病灾难并没有祸及东部印尼产区，即弗洛勒斯岛和帝汶，现今，帝汶的某些咖啡树，其基因可以追溯到16、17世纪1711年印尼咖啡就开始供应欧洲市场，彼时，印尼是非洲及阿拉伯之外，第一个大规模种植咖啡的国家。18世纪80年代成为当时世界最大咖啡出口地。Java咖啡的声名始于此咖啡简史1696年，当时荷兰驻印度Malabar的总督将一批咖啡苗送给荷兰驻巴达维亚batavia（今雅加达Jarkata）的总督，这是印尼首次种植咖啡。不过，这第一批咖啡苗被洪水冲毁。1699年，巴达维亚再次接受馈赠，这一次，咖啡苗顺利成活下来，并在1701年迎来第一次收获，开启了印尼的咖啡之旅。最初，咖啡种植于雅加达及附近区域，后来，种植区域逐渐扩大到爪哇中部及东部，苏拉威西岛、苏门答腊岛、巴厘岛也开始种植。与此同时，在印尼东部，当时隶属葡萄牙领地的弗洛勒斯岛Flores及帝汶岛Timor也有咖啡种植，只是咖啡苗的源头不同咖啡主产区爪哇岛，最古老的产区，爪哇咖啡的盛名从18世纪印尼咖啡辉煌时代延续至今，提到爪哇咖啡，仍能令人联想到优质美味，当时最著名的拼配就是以爪哇咖啡搭配也门摩卡。此外，爪哇产区还有极富盛名的陈年咖啡(Aged coffee)，或者称作季风咖啡(Monsooned coffee)咖啡品种最初，印尼咖啡为阿拉比卡种，18世纪末的叶锈病灾难摧毁了阿拉比卡庄园，最初，荷兰人尝试种植利比里亚种，后来，开始大规模种植罗布斯塔种。现在，印尼生产的咖啡中，阿拉比卡种约占10-15%，其余为罗布斯塔，利比里卡种虽有产出，但是基本不在咖啡贸易之列。

 

咖啡收获印尼产区通常有两个收获季，主收获季（main crop）大约出现在9-10月，次收获季（fly crop）在5-6月。阿拉比卡会采用手工采摘，手工采摘的工人享受最低工资保障，在此基础上有绩效工资