咖啡树原产于非洲埃塞俄比亚西南部的高原地区。据说一千多年以前一位牧羊人发现羊吃了一种植物后，变得非常兴奋活泼，进而发现了咖啡。还有说法称是因野火偶然烧毁了一片咖啡林，烧烤咖啡的香味引起周围居民注意。

当地土著人经常把咖啡树的果实磨碎，再把它与动物脂肪掺在一起揉捏，做成许多球状的丸子。这些土著部落的人将这些咖啡丸子当成珍贵的食物，专供那些即将出征的战士享用。直到11世纪左右，人们才开始用水煮咖啡做为饮料。13世纪时，埃塞俄比亚军队入侵也门，将咖啡带到了阿拉伯世界。因为伊斯兰教义禁止教徒饮酒，有的宗教界人士认为这种饮料刺激神经，违反教义，曾一度禁止并关闭咖啡店，但埃及苏丹认为咖啡不违反教义，因而解禁，咖啡饮料迅速在阿拉伯地区流行开来。咖啡Coffee这个词，就是来源于阿拉伯语Qahwa，意思是“植物饮料”，后来传到土耳其，成为欧洲语言中这个词的来源。咖啡种植，制作的方法也被阿拉伯人不断地改进而逐渐完善。

17世纪咖啡的种植和生产一直为阿拉伯人所垄断。当时主要被使用在医学和宗教上，医生和僧侣们承认咖啡具有提神、醒脑、健胃、强身、止血等功效；15世纪初开始有文献记载咖啡的使用方式，并且在此时期融入宗教仪式中，同时也出现在民间做为日常饮品。因伊斯兰教严禁饮酒，因此咖啡成为当时很重要的社交饮品。

1570年，土耳其军队围攻维也纳，失败撤退时，有人在土耳其军队的营房中发现一口袋黑色的种子，谁也不知道是什么东西。一个曾在土耳其生活过的波兰人，拿走了这袋咖啡，在维也纳开了第一家咖啡店。16世纪末，咖啡以“伊斯兰酒”的名义通过意大利开始大规模传入欧洲。相传当时一些天主教人士认为咖啡是“魔鬼饮料”，怂恿当时的教皇克莱门八世禁止这种饮料，但教皇品尝后认为可以饮用，并于祝福了咖啡，因此咖啡在欧洲逐步普及。

起初咖啡在欧洲价格不菲，只有贵族才能饮用咖啡，咖啡甚至被称为“黑色金子”。直到1690年，一位荷兰船长航行到也门，得到几棵咖啡苗，在印度尼西亚种植成功。1727年荷属圭亚那的一位外交官的妻子，将几粒咖啡种子送给一位在巴西的西班牙人，他在巴西试种取得很好的效果。巴西的气候非常适宜咖啡生长，从此咖啡在南美洲迅速蔓延。因大量生产而价格下降的咖啡开始成为欧洲人的重要饮料