一、根
咖啡属浅根作物，用种子繁殖的植株为圆锥根系。从品种上看，小粒种、中粒种的根较浅，大粒种的根较深。云南小粒咖啡3~4年生结果树，主根深70cm左右。从主根长出侧根，呈水平生长的称水平侧根，向下生长的为垂直侧根，从侧根抽生的根分别称为二级侧根、三级侧根。咖啡的根系有明显的层状结构，一般每隔5cm为一层，但大部分吸收根分布在0~30厘米土层内。咖啡根系的再生能力较强。
二、茎
咖啡的茎直立，嫩茎略呈方形，绿色、木栓后呈圆形，褐色。小粒种咖啡茎节间长4~7cm，每个节上生长一队叶片，叶腋有叠生芽，在上的称上芽，在下的称下芽。上芽发育成一分枝，下芽发育成直生枝。上芽与下芽同时萌动。
咖啡主干的生长有明显的顶端优势。靠近主干顶部的枝条生长特别旺盛。但这种优势随着主干的增高而减弱。若任主干自然生长，各类咖啡可按照其生长力，继续长高。小粒种达4~6米，中粒种达6~8米，大粒种可达10多米。
主干的生长具有季节性变化。旱季生长量小，节间短;雨季生长量大，节间长;冬季生长量最小，节间最短，出现密节。咖啡的枝条按其着生部位及生长方向分为下列几类：一分枝、二分枝、三分枝、次生分枝、直生枝。
三、叶
咖啡的叶对生，一般是两列平展，个别单叶轮生。叶柄短，叶片革质，绿色。有光泽，椭圆形至长椭圆形。小粒种咖啡叶片大小比较均匀，叶片小而末端比较尖长，叶缘波浪明显，长约12~16cm，宽约5~7cm。咖啡树的叶片属于典型的腹背对称。叶片喊有单宁、淀粉粒及草酸钙。
四、花
花数朵至数十朵丛生于叶腋间，每2~5朵花着生于一个花轴上，花梗短，花白色，芳香。中、小粒种花瓣一般为5片。花瓣基部连接呈管状，形成高脚蝶状花冠。雄蕊一般与花瓣同数，着生在花冠咽喉部。花药两室着生在花丝的两端，两者构成“丁”字状。雌蕊花柱长丝状，柱头两裂，子房下位，通常两室。每室中央胎座上有一个倒生胚珠，珠柄基短。虫媒花，大粒种和小粒种能自花授粉，中粒种多为异花授粉。
咖啡是一种短日照植物。咖啡具有多次开花现象及花期集中的特性。小粒种咖啡在云南(德宏傣族景颇族自治州)花期2~7月，盛花期3~5月。咖啡的开花受气候，特别是雨量和气温的影响较大。咖啡花寿命短，只有2~3天的时间。小粒种咖啡一般在清晨3~5时初开，5~7时盛开。
五、果
果为浆果。椭圆形，长9~14毫米，幼果绿色，成熟时呈红色、紫红色。每个果实一般有种子两粒，呈半椭圆形，有一条纵沟，称腹沟。
咖啡果实发育时间较长。小粒种咖啡需8~10个月(在当年的10~12月成熟);中粒种咖啡需10~12个月(11月至次年的5月成熟);大粒种咖啡需要12~13个月。雨量对果实发育的影响较大，气候条件直接影响果实的发育
