咖啡樱桃一旦被摘取下来，就得立刻送去农产品加工处理。被摘取下来的樱桃包括有刚好成熟的，或是过度成熟的，还有尚未成熟的，全都混合在一起。如果不把这些樱桃加以分开处理的话，所得到的咖啡豆的品质实在不堪入口，因为其中夹杂着许多味道很差的杂质。所以这些樱桃就要先被洗干净，放在满水的大槽之中准备做初步的分类。最好的咖啡的密度都比较高，所以会沉入水中。而过度成熟的樱桃则会浮出水面，很容易就将之分类了。低品质的咖啡不是留下来内部消耗，就是卖给在美国或欧洲的速溶咖啡生产厂商。很不幸的是，那些尚未成熟的樱桃也会沉在水底和那些已成熟的樱桃混杂在一起。所以那些尚未成熟的樱桃就要使用潮湿处理法，或是过一阵子才使用干燥处理法来将之分类。

在潮湿处理法的过程中，成熟的樱桃会被挤压出汁浆汁来。如果处理得当的话，就只有成熟的樱桃会被挤出浆汁；而尚未成熟的生硬樱桃也会因此而被分别出来。取出来的豆子要送到发酵槽中，用水浸泡约8－20小时之久。

这个时候咖啡豆中的黏性液体成分已经被滤掉了。潮湿处理法所产生的咖啡豆之特色在于明亮且清洁的味道。但是相对于干燥处理法所产生的咖啡豆而言，就没有那么芳香结实了。

当黏液从发酵槽中被除去之后，咖啡要么就放在露台上自然干燥，要么就使用机器烘干；或是两者兼用使之干燥。几乎所有咖啡生产地区的咖啡处理都以干燥法为主，因为由此法所产生的咖啡豆之间的差异性非常的小。这样处理主要的目的是防止豆子发酵，这样咖啡豆才不会产生含有令人厌恶作恶的湿软水果味道的霉菌。

如果不使用潮湿处理法的话，由于某些地区的天候状况适合生产厂商就可以使用干燥处理法（自然处理法）。在樱桃种子内部分裂之后，特别是里面的黏性物质去除之后；咖啡豆就只要简单的干燥法即可，可以使用大的露台来晒，或是使用机器烘干。使用这种方法，时间需要久一点，而且也比较容易发酵。无论如何，由于用干燥处理法处理的咖啡豆总是和甜甜的黏液接触时间比较久；所以处理出来的咖啡豆会比较甜也比较重。咖啡中的酸度，清洁度，及味道通常在处理的过程中也因而消失了。使用自然处理法的咖啡豆通常用来做浓缩咖啡