主要使用天然的方法,如使用咖啡果皮、果肉、树枝、树叶等做天然堆肥等方法来维护咖啡树之成长;在控制虫害方面使用纯天然的生物控制方法，像是种植防护树，以及利用其他各种自然的农作技术来确保咖啡树的健康。

　　有机咖啡会在树荫下种植，虽然在树荫下种植的方法产量不高，但是其品质却可达到极品咖啡的水准。这是由于能遮荫的树下可以减缓咖啡树的成熟，给予咖啡充分的成长，使其含有更多的天然成份、更上乘的口味和较少的咖啡因。这些种植咖啡的方式有利于维持一个健康的环境和保持地下水的纯净。土地、水源以及自然生态环境的永续性是有机咖啡从业者所积极关注的。

　　主要有机咖啡认证组织

　　<1>.美国农业部有机认证 (USDA ORGANIC)

　　美国最权威的有机认证是美国农业部的USDA标准。USDA的标准极为苛刻，产品包装上印有USDA标识的产品是官方认证100%使用了有机成份。

　　USDA具体标准如下：

　　1、使用成份不含任何化学合成物质，如化肥，杀虫剂，抗生素，食品添加剂以及转基因动植物。

　　2、使用成份所生长的土壤，至少三年以上没有使用过化学合成物质。

　　3、定期检查生产和销售记录

　　4、保持有机认证产品的严格物理隔离

　　检验有机产品的生产设施厂房

　　全部是由有机成份的产品可以使用标签注明“100%有机”或使用USDA徽标

　　使用超过70%有机成份的产品可以称作“使用有机成份制造(Made with Certified Organic ingredient.)”，但不能使用USDA徽标。

　　<2>.雨林联盟认证(Rainforest Alliance Certified )

　　雨林联盟认证是指：符合“雨林联盟”订立标准的农场，联盟会对该农场及其周边的生态系统进行保护，对农药的使用进行限制，并对废弃物管理等基准进行评估，唯有通过评估并被认证的咖啡，才能称为“雨林联盟认证咖啡”。

　　其中对于咖啡的认证基准规定：采用原生林树荫下栽培的传统耕作法，有益于保护生态系统的耕作方法。联盟所获部分收益亦用于热带雨林动物保护区的野生动物保护，劳工生活改善等。

　　达到“热带雨林联盟”订立基准的农园，雨林联盟会对该农园及其周边的生态系保护，农药使用上的限制，废弃物管理等基准进行评估，唯有通过该基准并被认证的咖啡，才能称为“热带雨林联盟认证咖啡”。此外，其部份收益亦用于热带雨林动物保护区的野生动物保护，劳工生活福祉等

　　<3>.UTZ优质咖啡认证

　　UTZ机构是一家独立组织，认证世界上的各种优质咖啡，认证范围涵盖了从咖啡种植到烘焙的每个生产步骤。该组织设定的标准，规定了怎样以对社会和环境负责的方式生产咖啡。支持在咖啡的生产过程中将水、化肥、农药的使用量降到最少。同时给咖啡农以支持，努力提高其生产率。