做好烘焙，每一个生产环节都不可忽视，选料要讲究、称料需精确、操作得用心。
烘焙是门学问。要了解烘焙之原理，必先了解热传导、对流和辐射三个方式。
传导是指当热由热源传导过去，导致周遭的分子振动，并放出热能，由高温处渐渐移往低温处。不锈钢的传导则有加热不均匀的现象，容易导致锅中某些地方较冷、某些地方较热的情况。
对流是指当物质被加热时，流体物质或气体因受热作用体积膨胀、密度减小而上升，其位置由周围较冷、密度较大的流体交换补充，之后再受热上升，周围物质又补充进来。如此循环不停的加热运动即为对流。
辐射则不需要任何的媒介，热量可直接辐射至物体将其加热。最常用于食品的辐射方式是使用电介质、微波或红外线。而在烘焙的具体操作上往往视当时环境条件，用两种或三种方式同时进行烘焙。
咖啡烘焙阶段常碰到的问题有以下几点：
一、烤炉预热温度不足，咖啡豆随即入炉，使得烤焙时间延长。因此，烘焙损耗大，咖啡豆颜色浅，这是因为热量不足，表皮无法充分焦化，以致缺乏色泽，且内部组织粗糙。
二、烤炉温度太高，烘焙咖啡时表面过早形成硬皮，使得内部组织膨胀受到压制，并且因其表面着色较快，使操作者误认为产品已烤好而提前结束烘焙。这种豆子的内部较黏而密实，达不到应有的膨胀，也没有正常的香味。
三、预热后空挡太长。干热过久的内部炉膛聚集太多热量，咖啡豆一入炉，所有的热源会在烘烤过程的最初阶段集中于豆子表面，形成太强的上火，随即热度消失快速降温，不稳定的炉内温度造成咖啡豆内部难熟.
四、烤焙时间太过或不及。烘焙温度的高低、时间之长短要随豆子的多寡调整。数量少的烘焙仓空间较多，金属传导热辐射的热能大，所以温度要较低些；而数量较多时，温度可以高些。烘焙时间的长短也需灵活调整。大凡豆子入炉受热不外乎由外表及周围吸收热能传送至豆子的中心，所以可由豆子外表的变化来观察其烘焙情况。
另外，烘焙机种类及性能的不同也会造成烘焙时间及温度的差异。从以往的直火式煤气式上下火方式到现在普遍使用的电热式，能源的对流设计被不断改进。同时，加装风扇增进热能对流稳定，使烘焙豆子的颜色更均匀，也能节省电力及烘焙时间。
先进的工具设备让烘焙环节变得更容易操作，而操作者积累烘焙经验也同等重要。
总之，咖啡烘焙时会面临各种各样的难题，只有熟悉咖啡的烘焙原理，不断积累经验，再加上随机应变，咖啡师才能掌握精湛的技艺。
