发霉豆：因为干燥不完全，或是在运输、保管过程中受潮，而长出青色、白色的霉菌，有时会使豆子黏在一起，若不去除这些发霉的豆子，会产生霉臭味。

　　死豆：非正常结果的豆子。颜色不易因烘焙而改变，故容易分辨出来。风味单薄，与银皮同样有害无益，会成为异味的来源。

　　未成熟豆：在其成熟前就被采摘下的豆子，有腥臭、令人作呕的味道。将咖啡生豆静置数年就是为了对付这些未成熟豆儿采取的策略

　　贝壳豆：干燥不良或者交配异常而产生;豆子从中央线处破裂，内侧像贝壳般翻出。贝壳豆会造成烘焙不均，进行深度烘焙时容易着火。

　　虫蛀豆：蛾在咖啡果实成熟变红之际侵入产卵，幼虫啃食咖啡果实成长，豆子表面会留下虫蛀痕迹。虫蛀豆会造成咖啡液浑浊，有时会产生怪味。

　　黑豆：较早成熟掉落地面，长期与地面接触而发酵变黑的豆子。可轻易透过手选步骤调除。混入黑豆煮出来的咖啡会产生腐败味且浑浊。

　　过干豆(可可)：自然干燥法使得果肉果肉残留、未充分脱壳是它的成因。带有碘味、土味等味道，会发出臭味。

　　带壳豆：内果皮覆盖在咖啡豆果肉内侧，多残留在水洗式咖啡豆上，烘焙时的透热性差，有时还会着火燃烧，是造成咖啡涩味的原因。

　　其他还有破裂豆、红皮豆(自然干燥的过程中遇到下雨的豆子，味道平淡单调)、发育不良豆(养分不足而停止成长的小颗粒豆子，味道浓重)等，有时会混入玉米或者胡椒粒等等。

　　石头：采收的豆子因为自然干燥法容易混入石头或木屑等。

　　当然，认识这些咖啡豆中的瑕疵后，是不是就万事如意了呢，肯定不会，这只是让大家了解了他们，在实际的选豆过程中，还有自己废下苦力，手工选豆。