晒干咖啡豆的果实[巴西圣保罗（Sao Paulo）的皮拉茹伊（Pirajui）]
为烘烤过程准备咖啡豆有两种方法。所选用的方法对于咖啡的最终价格和质量具有重大的影响。最便宜的加工方法被称为“干燥法”，此法用于较低等的咖啡豆，而较高质量的咖啡豆则用“湿处理法”进行加工。
干燥法用于未经洗过的咖啡豆。湿处理法用于彻底清洗过的或半清洗过的咖啡豆。除了在巴西和埃塞俄比亚比较普遍地使用干燥法之外，大多数阿拉伯咖啡豆都是用湿处理法加工的。在印度尼西亚，有一些罗百氏特咖啡豆用湿处理法加工，但是这在当地并不普遍。
干燥法
干燥法是最便宜、最简单、最传统的咖啡豆加工方法。加工时，要将收获的果实铺在水泥地面、砖地面或者是草席上。最理想的是在阳光下，而且要在有规律的间隔时间内用耙子把这些果实耙平，防止发酵。如果下雨或者气温下降，必须把这些果实覆盖起来以防止遭到损坏。
大约4周以后，每颗果实的含水量将下降至大约12％，这时的果实是干的。在巴西，这个阶段的咖啡豆被冠上一个容易混淆的名字：可可（coco）。此时它的表皮变为暗褐色而且易碎，还能听见咖啡豆在果壳里咯咯地作响。
该过程需要比表面上看起来更多的技术。因为咖啡豆有可能被干燥过度，如果发生了这种情况，这些咖啡豆就很容易在下一个阶段即去壳时遭到损坏。反之，没有充分干燥的咖啡豆也易受损。接下来就是把这些干燥的果实在地窖里贮存一段时间。在此期间，鲜咖啡豆中的水分继续蒸发。
哥斯达黎加（Costa Rica）地区古老的咖啡豆果肉分离机
湿处理法
湿处理过程需要更大的资金投入和更多的精力，但此法却有助于保证咖啡豆的质量，减少损害。干湿两种方法最主要的区别是：在湿处理过程中，果肉被立即从咖啡豆上分离开，而不像干燥法那样让其变干。
果肉在分离机中是这样被分离的——在具有一个固定面和一个活动面的机器中或者在有可活动杆的机器中，果实被压碎，从而果肉与咖啡豆分离。为了保证咖啡豆的质量，果肉的分离必须在收获后尽可能快地进行，在12小时之内是最理想的，但是不能超过24小时。若咖啡豆被放置时间过长，果肉就会变得很难与咖啡豆分开了，从而导致不完全分离而可能损坏咖啡豆。
与咖啡豆分离的果皮和果肉将用水冲洗掉。冲洗槽设计成具有将轻而嫩的咖啡豆与厚实而成熟的咖啡豆分开的功能。这样的分离也可以由奥高（Aagaard）分等机来完成。奥高是挪威的一名咖啡种植者，他在肯尼亚种植咖啡期间，设计了一套装置，通过过滤器把咖啡豆筛选进入一个大的水容器里，大而饱满的咖啡豆首先沉入水中，比较轻的咖啡豆则一直待在大容器里。在这一加工过程中，水可以循环使用。
下一步骤是最基本的发酵，也就是利用酵素的作用，分离覆盖在内果皮上的滑腻胶浆。咖啡豆被贮存在发酵箱内大约12～36小时，所用时间主要是由周围的温度、胶浆的厚度和酵素来决定的。当这个过程完成以后，咖啡豆周围的内果皮不再粘滑了而是有卵石般的手感。
在整个湿处理过程中质量控制对防止咖啡豆腐烂至关重要，因为即使只有一粒咖啡豆烂掉，都有可能损害全部咖啡豆。基于这个原因，所使用的设备必须天天清洗以确保进行下一轮加工之前没有任何杂质留下。
晒干咖啡豆
湿处理过程之后，咖啡豆仍被保存在内果皮壳内，这样的内果皮仍然含有大约15％的水分。内果皮必须被干燥到水分含量大约为11％时才能保证咖啡豆在一个稳定而安全的环境中贮存。水分含量是相当关键的，因为如果阿拉伯咖啡豆被过度干燥至含水量为10％，它们就会失掉原有的蓝绿色，质量也会有所下降。
外覆内果皮的咖啡豆要平铺在水泥地上、石板地上、干燥的桌子上或者盘子上进行干燥，这与干燥法很相似。
较大的种植园或者在雨水可能破坏干燥过程的地方有时使用机械干燥机，咖啡豆被放置于空调箱内，干燥的风吹在咖啡豆表面。干燥过程也可以通过太阳照晒来完成，咖啡豆要定时翻一翻以保证完全干燥，这一过程需要12～15天。最重要的是内果皮不能破裂，如果阳光太强，就必须将咖啡豆遮盖起来。
至此，整个工序完成，咖啡豆就成了众所周知的“羊皮纸咖啡豆（parchment coffee）”（因咖啡豆外覆的内果皮颇像羊皮纸，故称）。一般情况下，咖啡豆一直以这种形式保持到出口前夕。
由于生产咖啡豆的国家需要全年而不是仅仅在大约三个月的收获期出口咖啡豆，所以咖啡豆要在绝对稳定的环境下，以“羊皮纸咖啡豆”的形式贮存起来。高温是咖啡豆的大敌，而且湿度达到70％时也很容易破坏咖啡豆，基于这个原因，“羊皮纸咖啡豆”一般不贮存在生产地的农场里（尽管在有些地方没有选择的余地）。高地种植的咖啡豆应该贮存在与其种植地的海拔相同或相近的地方，因儿它们特别易受湿度的影响。在这种环境下，阿拉伯咖啡豆存放时间不应该超过12小时，罗百氏特咖啡豆则可以贮存稍长时间。
研磨或去壳
咖啡豆在出口之前，要用研磨法处理一下，也就是说把准备出售的阿拉伯和罗百氏特咖啡豆上面的内果皮去掉。去除、清洗内果皮和干燥过程后咖啡豆残留的外壳也称为去壳或脱皮。
在湿处理过程中占除咖啡豆的内果皮比在干燥过程中去除更困难，所以需要使用不同的去壳机。主要有两种机型：摩擦去壳机和紧压去壳机。恩格尔贝格（Engelberg）和非洲型号的摩擦去壳机适用于干或湿的咖啡豆：在一个圆筒形的盒子里，咖啡豆在线形凸条和刀子之间被挤压，外壳被刀子刮碎后，露出豆子。
“羊皮纸咖啡豆”通常在斯莫特（Smout）摩擦去壳机上去壳。斯莫特（Jules Smout）是比利时人，苏格兰人后裔。他出生于普鲁士（Prussia）的克耐斯伯格（Koenigsberg），定居于危地马拉。1844年，他研制出咖啡脱皮机，该机装有一个带螺杆的旋转体，旋转体在装有螺线的盒子里转动，而螺线则以相反的方向转动。当咖啡豆被动力推动沿着旋转体运动时，内果皮则被从咖啡豆上剥掉。因为旋转体转动相对很慢，所以旋转体产生的热量少于其他类型的去壳机。
其他去壳机包括滚动方式去壳机（主要用于产于南美洲的被干燥过的咖啡豆）和横杆去壳机（内部装有刀子）。
除了巴西以外，其他地方是用紧压去壳机处理“羊皮纸咖啡豆”，而不用摩擦去壳机。去壳时咖啡豆必须有适度的含水量，否则就有可能破裂。紧压去壳机包括一个在环形体内旋转的水平盘，围绕这个盘子的边缘是铁针或铁杆。机器运转时咖啡豆由于离心力作用而与铁针相接触，从而使内果皮壳脱落。
抛光
去壳后残留在咖啡豆上的银色外皮须通过抛光法除掉。大多数抛光机与斯莫特去壳机有相似的工作原理，不同的是用铜杆代替铁杆，因为铜杆给咖啡豆造成的破坏稍小。铜也给咖啡豆镀上迷人的青蓝色。用紧压去壳机处理过的咖啡豆通常要被抛光，因为它们看起来总是比用摩擦法去壳的咖啡豆杂乱。
历史上认为，抛光过的咖啡豆要比未抛光过的咖啡豆档次高，而事实上，最终调制成饮品在杯子里品尝时，是几乎没有什么区别的。也有人固执己见地认为抛光的价值会被杯子的质量所影响，但又很难找到确凿的证据。
分等和分类
咖啡豆首先按大小然后按密度分等，除了两个特例，所有的咖啡豆都有相当规格的尺寸和相同的比例，它们的一面是平的，另一面是半椭圆的。特例就是形状上更趋于椭圆的豌豆形咖啡豆和颗粒大的巨形咖啡豆（也就是马拉戈日皮咖啡豆）。这两种咖啡豆的价格总是高—些。
总体上说，大的咖啡豆能产出较好的咖啡。咖啡豆的尺寸分级通常是以10～20来表示，但有一些国家是用对应于一定尺寸的级别，例如AA级，来对咖啡豆进行分等。确定咖啡豆尺寸的方法是让它们通过一个筛子。但即使如此，相同尺寸的咖啡豆之间也可能存在重量的差异：而且必须得剔除的坏的、皱缩的咖啡豆仍然会有留存。
把不想要的咖啡豆与好咖啡豆分开，最好的方法是利用重力和空气。压缩空气法是用手工操作的，需要较高的技术，它是用喷气机把重的和轻的咖啡豆分开。另一种方法——重量分离法的分离器是通过把咖啡豆放在升高的盘子上，让空气通过它们使重的咖啡豆落下来，这也是一项技术要求很高的方法，如能恰当地使用，就能更精确有效地分离咖啡豆。
下一步就是把这些咖啡豆分类。去除腐烂的、黑的、变酸的和过度发酵或没有去壳的咖啡豆。这一过程要靠眼力，把豆子放在移动的皮带上检查。
其他方法包括电子颜色分类法（主要用于罗百氏特咖啡豆）和重铬酸盐（bichromatic）方法（利用光检寻找坏豆子）。然而，在今天，最好的检验分类器仍然是人类的眼睛。但是毫无疑问高科技微处理系统最终将完全取代这一过程。
不同的国家根据不同的等级系统对咖啡豆进行分等。其中一些像海地（Haiti）常用的分等法，工艺过分复杂而效果甚微；而在巴西使用的分类装置，尽管其结构复杂但确实是必要的。总的说来，有六个出口等级，最高级别是SHB（strictly hardbean，特硬咖啡豆），或叫高地咖啡豆，出产于海拔不低于400米的高地。
所有的咖啡豆在购买之前都要经过品评鉴定。通常的作法是把咖啡豆买来自己烘烤而不是买生产地已经烘烤过的咖啡豆。主要原因就是一旦咖啡豆经烘烤，它的货架生命就会很短暂。第二个原因是大多数美洲和欧洲的零售商都喜欢直接从当地的咖啡豆烘烤者那儿买咖啡豆，这样他们能更好地控制咖啡的质量。
