咖啡豆是咖啡树结的籽。在经过了3-4年的生长，咖啡树日渐成熟，开始结果一粒粒果实会沿着树枝排成串或簇成团。籽的外面是一层果皮，一变红就可以摘了。红皮(外果皮)下面有一层果肉(中果皮)，里面是一个小薄层，再往里是一层像羊皮纸一样的物质——内果皮。在所有这些果皮的里面通常有两粒平面相对的豆子，豆子外面有一层薄膜或外皮。大多数阿拉伯咖啡豆的成熟期是6-8月，罗百氏特咖啡豆是9-10月。因此，虽然在一些干湿季不明显的国家，如哥伦比亚、肯尼亚，一年有两次花期，也就是有大小两次收成，但严格意义上说一年只有一次。由于地区不同，收获时期也各不相同。赤道以北(如埃塞俄比亚和中美洲)的地区一般在9-11份收获一次。赤道以南，如巴西和津巴布韦地区，尽管收获期能持续到8月份，但主要的一次是在4月或5月。赤道地区的国家，如乌干达和哥伦比亚，全年都能收获，尤其是那些能善于利用各种不同海拔高度的种植园。因此，一年的多数时间都可能有新收的咖啡豆。就采摘本身来讲，有两种方式：一种是成片采摘，也就是在园子里走一趟就把所有的豆子都摘完;另一种是有选择的采摘，也就是以8-10天为间隔，在树间走几次而且只摘那些已熟透的红色浆果。有选择的采摘比成片采摘费用高，劳动量大，一般只用于阿拉伯咖啡豆，尤其是那些需要经过水洗的阿拉伯咖啡豆。所摘的咖啡豆的数量取决于多种因素，最显而易见的就是树的高矮和农场或种植园的布局。一般的农场平均每个采摘工一天能摘50-100公斤。可是这些重量中只有20%是真正的咖啡豆，因此平均每个采摘工只能摘10-20公斤咖啡豆。咖啡豆装在标准重量为45-60公斤的袋子里。因此，一个工人需要3-6天的时间才能装满一袋。有人计算过，一种植园或农场收获时的费用是全年总费用的一半。在巴西，人们已多次尝试用机械采摘来降低这些费用。这种机器能横跨在咖啡树上摇动树枝，这样那些因熟透而变得松动的浆果就会掉下来落入漏斗里。机械采摘机只在自然条件较好的地带适用，而且它们需要事先调整，因为只有在能一排排地把树种得很直的地方才能使用这种机器，事后还需要检查机器采摘的咖啡豆，把掉在漏斗里的叶子和树枝拣出去。所以，很大一部分咖啡都是手工采摘的，这就需要大量的季节性劳作，采摘工也得注意不能摘不熟的、坏的或太熟的咖啡豆，因为它们会影响所收获咖啡的整体品质。那些已经不太好的咖啡豆被称作普通的、酸的或发酵的而加以分类，最后一种是极差品。​