瑕疵豆的挑选中，最难判断的是发酵豆与未熟豆。乍看之下，有的是稍微偏黄，或只有很细微的不同，会让人难以判断该不该剔除。然而，只要有犹豫，就该不假思索地剔除。总之最重要的就是要用最完美的手选法，制作出美味的咖啡。

手选步骤结束后，接着再用舌头作最后确认。顺序是试验烘焙、杯测。同时，将那些被挑除的瑕疵豆根据不同的类别烘焙、杯测也是一大重点。“只要混入一颗发酵豆，就会毁了50克的咖啡”这一说法是真是假，可以透过试喝来判断。

挑选瑕疵豆的速度要快。若是个人兴趣还无所谓，但若是咖啡店里要用的，手选作业会相当耗费人力、时间，也因此很多店都会省略手选或者杯测等步骤。大概的速度是1小时处理20千克咖啡豆为佳。

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