生豆按品质标准分成若干等级，标准因地而异，基本上根据大小及形状来确定，等级越高，品质越好。目前由于国内咖啡生豆市场刚刚起步，贩售的咖啡生豆以低等级的期货豆为主。大家到手的生豆通常会有许多瑕疵。有瑕疵的咖啡豆的危害性相当大，其中包括

　　变异豆

　　不是平豆也不是园豆，因发育畸形的原因，生豆在脱壳时中心部破碎。这种豆在烘焙时易出现不均匀。

　　发酵豆/黑豆

　　加工过程或水洗过程中，豆内部发酵。有发酵异酸味。

　　未熟豆/白死豆

　　咖啡果未完全成熟时就收获。这种豆烘焙后呈象牙色，口味青涩。

　　霉豆

　　加工、运输过程受潮、雨淋，霉菌滋生。只要有一粒豆生霉，就会很快波及其他，务必注意。

　　虫蛀豆

　　被一种叫做咖啡果小蠹的害虫蛀蚀，豆上有虫眼，使咖啡产生异味。

　　干果

　　带外皮进入干燥工序。在非水洗式加工过程中，可脱壳取出生豆，但水洗加工过程中，这种状态就成为缺陷豆。

　　异种豆

　　比如阿拉比卡里面混入的罗布斯塔、园豆里面夹杂的平豆。

　　小砂石

　　容易弄坏磨豆机、比较粗放的日晒就能找得到。在挑选的时候我们把豆子摊开置于光线充足处，用双手边拨边挑效率较高。基本上看起来觉得不爽的咖啡生豆豆可以挑除。挑选以后整齐的豆子才能烘焙的更整齐，味道也更纯正。如果混杂太多意想不到的因素，就根本无法判断咖啡豆本身真正的味道。一般商业等级的普通咖啡生豆，通过自己的挑拣，也能达到很高很贵的等级，甚至精致咖啡的水平。