起初咖啡只在宗教典礼和医师处方上使用。自从医学界发现它的妙处，就有越来越多的医师在处方中使用到它。咖啡可以用来治疗许多疾病，如肾结石，痛风，天花，麻疹与咳嗽。一篇17世纪末的文献中引述了植物学家阿尔皮诺斯的著作。在他关于埃及的【医药与植物】一书中写到：它是治疗女性停经的良药，对于那些停经并伴有疼痛的患者，这是一贴特效药。

　　咖啡有许多对人体非常好的药用价值，当然是在适量饮用的范围内：

　　提神醒脑

　　咖啡所含的咖啡因会刺激脑部的中枢神经系统，延长脑部清醒的时间，使思路清晰、敏锐，且注意力较为集中，可提高工作及学习的效率。

　　抗忧郁

　　少量的咖啡可使人精神振奋，心情愉快，纾解忧郁的现象。

　　控制体重

　　咖啡因能提高人体消耗热量的速率，一项研究发现 100 毫克的咖啡因 (约1杯咖啡)，可加速脂肪分解，能使人体的新陈代谢率，增加百分之三至四，增加热能的消耗，适量饮用，有减重效果。

　　促进消化

　　咖啡会刺激交感神经，提高胃液分泌，如果在饭后适量饮用，有助消化。

　　利尿

　　咖啡具利尿作用，可提高排尿量，而使上厕所次数增加。

　　改善便秘

　　咖啡可刺激肠胃激素或蠕动激素，产生通便作用，可当快速通便剂。

　　降低患肠癌或直肠癌的机率

　　咖啡含有天然抗氧化物。

　　止痛

　　咖啡因做为一个药品时，可以加强某些止痛剂的效果。 (可减缓偏头痛)

　　总之咖啡只要不空腹喝，不过量喝，对于保持健康还是有一定帮助的。